ابراهیم رییسی درباره قتل عام چند هزار زندانی سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ امروز در جمع دانشجویان در دانشگاه بهشتی تهران گفت:
“شما جوانان در جریان اقدامات جریان نفاق در سال‌های ابتدایی انقلاب نیستید. جریان نفاق ۱۷ هزار نفر را در این کشور ترور کردند. در همین تهران روزی ۱۰۰ تا ۱۲۰ ترور صورت می گرفت، از نیروهای انقلابی و هرکس که عکس امام را در مغازه زده بود تا رئیس جمهور، نخست وزیر، رییس دیوان عالی کشور و… را کشتند. بسیاری از مقامات کشور و ائمه جمعه کشور تحت اقدامات آنها ترور شد.
قهرمان مبارزه با نفاق در کشور امام خمینی است، همه کسانی با نفاق مبارزه کردند باید مورد تشویق قرار گیرند که کشور را از شر منافقان نجات دادید. آیا این درست است که همه خطوط امنیتی نظام شکسته شود که رای عده ای را جذب کنند ؟
چرا با این کار خواستند رای ضد انقلاب را بگیرند؟
تفاوت من با رقیبم [ حسن روحانی] این است که ما به استقلال کشور معتقدیم اما او آب خوردن را هم به بیگانه متصل می کرد…در سال ۶۷ افرادی از منافقین پرونده آنها مورد رسیدگی قرار گرفته بود و دادگاه حکم داده بود و دیوان عالی کشور نیز تایید کرده بود، ولی فورا نیاز نبود که حکمشان اجرا شود، مثل همین الان که بعضی پرونده های قاچاق حکم صادر و تایید شده اما نسبت به بعضی دیگر شدت کمتری دارد اجرا نمی شود.
حکم امام مبنی بر این بود که افرادی که محارب هستند و ثابت شده که با سازمان منافقین در ارتباط هستند ، آنها که حکمشان تایید شده ولی به اجرای آن به دلایلی به تاخیر افتاده ، هیاتهایی بنشینند و بررسی کنند که آیا شرایط اجرای حکم وجود دارد یا نه ؟ فقط برای کسانی که جرم و حکمشان قطعی شده بود.
من به دفتر نشر آثار امام گفتم مبانی فقهی حکم امام را توضیح دهند. برخورد امام در جریان نفاق، برای همیشه کشور را از لوث منافقین پاک کرد اما برخی برای آنکه هدف برایشان، وسیله را توجیه می کند، نسبت به من و امام و انقلاب تسویه کردند، در حالی که من هیچ کدام از آن سه سمت تصریح شده را در حکم امام نداشتم.
افتخار من آنست که با جریان نفاق، فساد و چپاول مبارزه کرده ام، اما تعجب نسبت به کسانی[حسن روحانی] است که مدعی حقوقدانی هستند، اما بین دادستانی و قاضی فرقی نمی گذارند”.