گزارش‌گران بدون مرز (RSF) تاسف خود را از انتصاب ابراهیم رئیسی به ریاست دستگاه قضایی ایران اعلام می‌کند. این گزینش توهین به خانواده قربانیان و تقویت چرخه تراژیک مصونیت از مجازت کیفری در جمهوری اسلامی ایران است. 
انتصاب ابراهیم رئیسی در راس دستگاه قضایی برای پنج سال از سوی علی خامنه‌ای رهبر جمهور اسلامی ایران تایید دیگری بر عدم استقلال دستگاه قضایی ایران است. ابراهیم رئیسی، یکی از روحانیان نزدیک به علی خامنه‌ای است. این روحانی در سی و هشت سال گذشته مسوولیت‌های مهمی در سازمان قضایی ایران داشته است، از این میان دادستان در برخی شهرهای کشور، معاونت در همین سامانه و یا دادستان دادگاه ویژه روحانیت. ابراهیم رئیسی همچنین عضو هیاتی بود که از سوی خمینی برگزیده شده بودند و در تابستان ١٣۶٧، هزاران زندانیان سیاسی از این میان شماری از روزنامه‌نگاران را در جلسه‌هایی که در اغلب موارد تنها چند دقیقه طول کشید، دوباره بازجویی کردند. بسیاری از این زندانیان به مرگ محکوم شدند. به گفته اعضای این هیات، حکم اعدام برای زندانیانی صادر شد که از عقاید خود ابراز پیشیمانی نکردند.
برای این اعدام‌های جمعی است که بسیاری از نهادها جهانی مدافع حقوق بشر و از این میان چند گزارش سازمان ملل متحد، کمیسیونی که ابراهیم رئیسی هم در آن عضویت داشت به ارتکاب « جنایت علیه بشریت» متهم شده‌اند.
آیت‌الله منتظری یکی از معماران و بنیان‌گذاران جمهوری اسلامی که از سوی خمینی به جانشینی خود انتخاب شد، اما با اعتراض به وضعیت زندانیان سیاسی و کشتار زندانیان سیاسی در سال ١٣۶٧ از قدرت کناره گرفت، به صراحت مخالفت خود را با این اعدام‌ها اعلام کرده بود. و آن را «بزرگترین جنایت که در جمهوری اسلامی شده و در تاریخ ما » نام نهاد. وی به اعضای کمیسیون می‌گوید این جنایت « به دست شما انجام شده و شما را در آینده جزو جنایتکاران در تاریخ می‌نویسند.»
امروز یکی از « جنایتکاران در تاریخ » در راس دستگاه قضایی ایران قرار گرفته است. دستگاه قضایی که تکیه بر قاضی‌هایی دارد که اغلب آنها متهم به فساد و جنایت هستند. ابراهیم رئیسی به ریاست دستگاهی منتصب شده است که برخی از آنها نیز مجریان اعدام‌های غیر قضایی در کشتار ندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ بوده‌اند. از این میان ابوالقاسم صلواتی رئیس شعبه ۱۵ داگاه انقلاب تهران و محمد مقیسه رئیس شعبه ٢٨ دادگاه انقلاب اسلامی تهران، که از بازجویان و شکنجه‌گران زندان‌ها همدان و اوین در دهه شصت بوده‌اند. این دو از خرداد ماه سال ۱۳۸۸ صدها زندانی عقیدتی و فعال رسانه‌ای را محاکمه و به حبس‌های سنگین زندان محکوم کرده‌اند.