محمد موسوی خوئینی، دبیر کل مجمع روحانیون مبارز، در نامه‌ای به رهبر جمهوری اسلامی، او را «نقش‌آفرینِ اصلی درتمام» امور کشور خواند و نوشت که از نظر مردم « اوضاع غیرقابل‌دوام امروز» نتیجه شیوه مدیریت او است.
دبیر کل مجمع روحانیون مبارز با اشاره به وضعیت اقتصادی و دیگر مشکلات کشور نوشت که سخنان مردم از «عمق بی‌اعتقادی و بی‌اعتمادی نسبت به مدیریت کلان و مدیران کشور» حکایت دارد.
موسوی خوئینی در عین حال اضافه کرد: «البته هنوز کم نیستند کسانی که اصلاحِ امور و تغییر وضع نامطلوب کنونی را از عالی‌ترین جایگاه مدیریت کشور انتظار می‌کشند».
به گفته دبیر کل مجمع روحانیون مبارز، «در چشم این خیل عظیم، اوضاع غیرقابل‌دوام امروز صرفا معلول تصمیمات مدیرانی که می‌آیند و می‌روند نیست (که البته این آمدن‌ها و رفتن‌ها هم خارج از چارچوب اراده عالی و حاکم بر کل مقدرات کشور نیست). از نگاه مردم، شیوه مدیریت در بالاترین سطح، و قدرتِ نافذ آن، نقش‌آفرینِ اصلی در تمام یا اکثر مهامّ امور کشور است».
دبیر کل مجمع روحانیون مبارز خطاب به خامنه‌ای همچنین نوشت که اگر مدیریت فعلی کشور «نتیجه محاسبات متعارف و براساس آراء و تحلیل‌های شناخته‌شده در حکم‌رانی است»، صاحب‌نظران پرشماری به آن انتفاد دارند.
او اضافه کرد: «اما اگر مبنای تصمیمات این چند دهه دانسته‌هایی از مبادی غیرمتعارف است که تنها در اختیار خواصی از بندگان خدای متعال است که بنده و امثال بنده هیچ حظّی از آن نداریم و در نتیجه، آنچه بر کشور و مردم و جمهوری اسلامی می‌گذرد سرنوشتی محتوم و گریزناپذیر است، پس همگان تسلیم امر محتوم و مشیّت الهی خواهیم بود».
موسوی خوئینی در سال‌های اخیر به ندرت در موضوع‌های سیاسی اظهار نظر کرده و انتقاد علنی او از خامنه‌ای کم‌سابقه است. او در دوره رهبری روح الله خمینی، دادستان کل کشور بود و در دوره خامنه‌ای روزنامه سلام را تاسیس کرد.