خبرگزاری فارس نزدیک به سپاه پاسداران می‌گوید که تیراندازی به سمت خودروی محسن فخری‌زاده، دانشمند هسته‌ای جمهوری اسلامی، با استفاده از «سلاح‌های خودکار» صورت گرفته و «هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته است».
خبرگزاری فارس در روایت تازه‌ای از حادثه روز هفتم آذر و کشتن آقای فخری‌زاده، گفته که «ماشین ضدگلوله» حامل او و همسرش همراه با «سه ماشین تیم حفاظت» از شهر رستم‌کلای مازندران به سمت آبسرد دماوند حرکت کرده بود که «ماشین پیشرو تیم حفاظت چند کیلومتر مانده به محل حادثه، اسکورت را برای چک و خنثی محل مقصد ترک می‌کند».
به گزارش روز یکشنبه ۹ آذر این خبرگزاری، «در همین لحظات صدای ناشی از اصابت چند گلوله به ماشین موجب جلب توجه دکتر فخری‌زاده و متوقف کردن ماشین می‌شود».
بر اساس این روایت، «فخری‌زاده به تصور اینکه صدا ناشی از برخورد با مانع خارجی یا اشکال در موتور خودرو بوده از ماشین پیاده می‌شود. در همین لحظه از خودرو نیسانی که در فاصله ۱۵۰ متری ماشین او متوقف بوده، از یک دستگاه تیربار اتوماتیک کنترل از راه دور، شلیک‌های متعددی به سمت شهید صورت می‌گیرد».
خبرگزاری فارس می‌گوید که «دو گلوله به پهلو و یک گلوله به پشت فخری‌زاده برخورد می‌کند که منجر به قطع نخاع وی می‌گردد» و در این فاصله «سرتیم حفاظت بدن خود را حائل پیکر» فخری‌زاده می‌کند «و چند تیر نیز به بدن وی اصابت می‌کند. لحظاتی بعد همان نیسان متوقف شده نیز منفجر می‌شود».
بر اساس این گزارش، در بررسی هویت مالک خودروی نیسان مشخص شده که او «روز ۸ آبان از کشور خارج شده است».
خبرگزاری فارس افزوده که کل این عملیات «سه دقیقه» طول کشیده و «هیچ عامل انسانی در محل ترور حضور نداشته و تیراندازی‌ها تنها توسط سلاح خودکار انجام شده است».
روایت جدید این خبرگزاری نزدیک به سپاه در حالی است که رسانه‌های حکومتی از جمله خبرگزاری فارس در ساعات اولیه این حادثه گزارش داده بودند که در جریان تبادل تیراندازی بین محافظان و عوامل عملیات، «سه یا چهار نفر از تروریست‌ها» کشته شدند.
آن‌ها همچنین از «زخمی شدن چند نفر از نزدیکان» فخری‌زاده خبر داده بودند ولی در گزارش روز یکشنبه خبرگزاری فارس اشاره شده که فقط محافظ این دانشمند هسته‌ای جمهوری اسلامی «مجروح شده است». با این حال گزارش‌های ضدونقیضی درباره وضعیت سلامتی او منتشر شده است.
طی دو روز گذشته مقام‌های جمهوری اسلامی از گرفتن «انتقام سخت» و برخورد شدید با عاملان این حادثه سخن به میان آورده‌اند، با این حال هنوز مشخص نیست که چه فرد یا گروهی عامل این حادثه بوده است. برخی از مقامات انگشت اتهام را به سوی اسرائیل نشانه رفتند که ادعا می‌شود در ترورهای قبلی دانشمندان هسته‌ای ایران دست داشته است.
در آن ترورها که در دوره دولت محمود احمدی‌نژاد اتفاق افتاد، داریوش رضایی‌نژاد، مجید شهریاری، مسعود علی محمدی، مصطفی احمدی‌روشن و فریدون دوانی هدف سوءقصد قرار گرفتند که چهار نفر نخست کشته شدند ولی نفر پنجم مجروح شد که بعد از بهبودی به ریاست سازمان انرژی اتمی ایران رسید.
محسن فخری‌زاده، معاون وزیر دفاع و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری‌های وزارت دفاع ایران بود. رسانه‌های ایران مدعی هستند که او به مدت سه دهه در فهرست ترور سازمان جاسوسی اسرائیل، موساد، بوده است.