شیخ به جرم افساد فی الارض حلق آویز شد. ۱۱ مرداد ماه صد و دوازدهمین سالگرد اعدام شیخ فضل الله نوری به جرم افساد فی الارض در سال ۱۲۸۸ شمسی به دست مشروطه خواهان است.
به گزارش ایسنا، به دار آویختن حاجی شیخ فضل الله یکی از وقایع مهمی بود که در انقلاب مشروطیت ایران روی داد و اگر بگوییم که یکی از حوادث و اتفاقاتی بود که در قرون اخیر نظیر نداشت و یا نظیر آن به ندرت دیده شده بود، گزاف گویی نکرده و راه خلاف نپیموده ایم…. اگر چه وی مرجع تقلید رسمی نبود، ولی در پایتخت بالاترین مقام روحانیت را حائز بود.
در ۱۱ مرداد ۱۲۸۸ جمعی از مبارزان مشروطه به خانه شیخ ریختند و او را کَت بسته و با درشکه به میدان توپخانه تهران آوردند و در یکی از اطاق‌های طبقه فوقانی میدان محبوس کردند.
سپس شیخ را به اطاقی می‌برند و اعضای دادگاه انقلابی پس از یک ساعت مشاوره به اتفاق رأی می‌دهند که، چون حاجی شیخ فضل الله نوری، قیام بر ضد حکومت ملی کرده و سبب قتل هزار‌ها هزار نفوس و خرابی بلاد و غارت و فساد گردیده و حجج اسلام نجف اشرف هم او را مفسد فی الارض تشخیص داده‌اند، محکوم به اعدام است.
مأمورین اجرا، حکم دادگاه انقلاب را به شیخ ابلاغ کردند و بلادرنگ او را در میان گرفته و از پله‌های طبقه فوقانی عمارت توپخانه سرازیر کرده و وارد میدان شدند.
ناظرین نزدیک به محل اعدام گفته‌اند که جان کندن شیخ بیش از نیم دقیقه طول نکشید و پس از آنکه او را به‌دار کشیدند تشنجی در اعضایش ظاهر شد و سپس به درک واصل شد.
واکنش خمینی ملعون
خمینی در آبان ۱۳۵۹ در جمع شماری از اصناف و بازاریان قم گفت: در مشروطه دیدند که یک ملاّ یا چند ملاّ در نجف و چند معمم و ملا در تهران اساس استبداد و حکومت خود کامه‌ای که در آن وقت بود آن را به هم زدند، و مشروطه را مستقر کردند؛ و در این مسائل آن‌هایی که مخالف هم بودند از پا ننشستند. آن‌ها هم فعالیت خودشان را می‌کردند، که حالا بخواهیم همه را بگوییم طولانی است. لکن راجع به همین مشروطه و اینکه مرحوم شیخ فضل الله ایستاد که مشروطه باید مشروعه باشد، باید قوانین موافق اسلام باشد.