علی مطهری، نماینده مجلس ایران با تاکید بر اینکه «در حال انتقال از جمهوری اسلامی به حکومت اسلامی هستیم»، گفته است: «عده‌ای در درون حاکمیت به طور جدی به دنبال حکومت اسلامی هستند، چرا که رأی مردم را تزئینی می‌دانند».
او که با ویژه‌نامه نوروزی روزنامه سازندگی مصاحبه کرده، می‌گوید این افراد اعتقاد دارند «مجلس یک نهاد مشورتی و نهادی است که باید منویات رهبری را اجرا کند» و «رئیس جمهور مستقیماً باید منصوب رهبری باشد».
او بر همین اساس پیشنهاد داده است که رئیس‌جمهور آینده توسط رهبر جمهوری اسلامی منصوب شود.
این نماینده مجلس گفته است بسیاری از مشکلات کنونی ناشی از لج‌بازی بخشی از حکومت با دولت روحانی است و اگر در انتخابات سال ۹۶ ابراهیم رئیسی رای آورده بود، «شاید به مذاکره با آمریکا هم رسیده بودیم و اف‌ای‌تی‌اف هم به اینجا نمی‌رسید» و حامیان او هم می‌گفتند که «ما چرخش عزت‌مدارانه کرده‌ایم و امروز مصلحت اسلام در این است».
اشاره او به سخنان رهبر جمهوری اسلامی است که موافقت خود را با توافق هسته‌ای با عبارت «نرمش قهرمانانه» توضیح داد.
آقای مطهری همچنین با تاکید بر اینکه «شرکت در انتخابات تأثیری در سرنوشت ما ندارد»، گفته است: «نهادهای انتخابی دکوری برای دموکراسی هستند و تصمیمات در جای دیگر گرفته می‌شود».
او در توضیح این جمله گفته است که در مجلس شورای اسلامی به طور دائم گفته می‌شود «پیغامی از بیت آمد» و «آقایان لاریجانی و عارف همیشه گوش‌به‌زنگ بیت بوده‌اند».
آقای مطهری گفته زمانی که نایب رئیس مجلس بوده، پیشنهاد داده درباره جایگاه مجلس با آیت‌الله خامنه‌ای مذاکره شود ولی به آن توجه نشده و «اصلاً مجلس را در این حد نمی‌دانند که با رهبری صحبت کند».
این نماینده مجلس در انتخابات دوره یازدهم نیز کاندیدا شده بود ولی از سوی شورای نگهبان ردصلاحیت شد.