قتل و زندان سرنوشت همه نویسندگان نامه‌های سرگشاده به علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، بوده است. در دهه ۱۳۷۰ به دلیل شرایط آن دوره هزینه نوشتن این نامه‌ها بیشتر بوده و سرنوشت «علی‌اکبر سعیدی سیرجانی»، نویسنده و پژوهشگر برجسته در تاریخ و ادبیات، به مرگ در زندان ختم شد.
سعیدی سیرجانی نیز نوشته بود که پاسخ رهبر جمهوری اسلامی به نامه‌اش «در حکم فرمان آتش است و نوشیدن جام شوکران.»
نامه دوم و سوم او به رهبر جمهوری اسلامی در آن زمان تکثیر شده و موجود است. پاسخ خامنه‌ای به این نامه‌ها منتشر نشده است؛ اما از محتوای نامه‌های سعیدی سیرجانی مشخص می‌شود که رهبر جمهوری اسلامی او را به «ارتداد» متهم کرده است.
در دهه ۱۳۷۰ انتشار آثار سعیدی سیرجانی ممنوع شد و حتی کتاب‌های تجدیدچاپ شده او هم اجازه توزیع پیدا نکرد. او در سال ۱۳۷۱ نامه‌هایی به «علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی»، رییس‌جمهور و «علی لاریجانی»، وزیر ارشاد، نوشت؛ اما از این نامه ها نتیجه نگرفت.
هاشمی رفسنجانی گزارشی درباره پیگیری این نامه نداده و تنها گفته که سعیدی سیرجانی با او بد نبوده است و به تعبیری تاکید کرده که در حذف او نقشی نداشته است.
سعیدی سیرجانی با انتشار یادداشتی در روزنامه اطلاعات با عنوان «آینده؛ تصمیمات مهم و بالاخره آنچه باید بدانیم» از سخنان هاشمی رفسنجانی در مراسم تحلیفش استقبال کرده و این یادداشت با حمله نمایندگان مجلس چهارم مواجه شد.
او نوشته بود که نطق هاشمی رفسنجانی در روز تحلیف، عده‌ای را امیدوار و عده‌ای را هم ناامید کرد که «در راس این ناامیدان، شیادانی هستند که سال‌هاست به برکت بازار آشفته، به نوایی رسیده‌اند و قطعا خاموش نخواهند نشست … اگر قرار باشد بنا را بر صحت اعمال بگذاریم و به حکم حفظ کرامت انسانی، از تجاوز به حریم مردم خودداری کنیم، آن وقت تکلیف جنایتکارانی که با جعل عنوان، در لباس ضابطان ماموران بعضی نهادها به خانه مردم می‌ریزند، بی‌آنکه صاحب خانه جرات شکایتی داشته باشد، چیست؟!… همین فرداست که تعدادی فواحش وامانده را اجیر کنند و با لباس جلف در کوچه و خیابان رها کنند و بعد، فریاد وا ناموسا سر دهند…»
روزنامه کیهان نیز در مصاحبه با هاشمی رفسنجانی او او پرسیده بود که «نقطه آغاز اختلاف نظری که در عرصه سیاسی وجود دارد»، آن مقاله سعید سیرجانی «در حمایت از شما در روزنامه اطلاعات» است «که با شیطنتی آن را نوشته بود.»
هاشمی رفسنجانی در پاسخ به این پرسش گفته بود: «شما می‌گویید که مثلا آقای سعیدی سیرجانی مقاله‌ای نوشته بود. یک نویسنده که تفکرش هم شناخته شده است، مقاله‌ای نوشته است. اتفاقا در روزنامه کیهان، جمهوری اسلامی و همان اطلاعات ده‌ها مقاله در رد یا قبول آن نوشته شد و یادم می‌آید که روزنامه اطلاعات به خاطر زیادی مقالات رسیده و عدم امکان چاپ همه آن‌ها، در یکی از شماره‌های خود با آوردن نام نویسندگان مقالات بی‌شماری از آنان عذرخواهی کرد.»
رییس‌جمهور وقت همچنین در خاطرات چهارشنبه ۷دی۱۳۷۳ بدون هیچ توضیحی نوشت که «محمد یزدی»، رییس قوه قضاییه گزارش پزشکی قانونی در مورد مرگ سعیدی سیرجانی در زندان را «گفت که مرگ طبیعی بوده» است.
به هر حال سعیدی سیرجانی پس از ناامید شدن از هاشمی رفسنجانی و دیگر مقامات به رهبر جمهوری اسلامی نوشت. بر اساس نوشته «محسن کدیور»، پژوهشگر دینی، رهبر جمهوری اسلامی به نامه اول سعیدی سیرجانی پاسخ نداده و سعیدی سیرجانی سه ماه بعد دوباره به او نامه نوشت.
سعیدی سیرجانی در نامه دوم خطاب به خامنه‌ای نوشت که «ضحاک ماردوش» مربوط به دوران‌های اساطیری ایران است و نه هیچ ربطی به زمان حاضر دارد و نه به رژیم فعلی.
او در این نامه همچنین تلاش وزارت اطلاعات برای بدنام کردنش با اعلام کشف تریاک در صورت بازداشت احتمالی را پیش‌بینی کرد و نوشت که هدف افتراهای موسسه کیهان این است تا اگر کشته شد: «حتی یک نفر بر جنازه ملحد آلوده بدنامی جون بنده نماز نخواند. اقدام بی‌حاصلِ پُرخرجی که می‌توانند با کشف یک لوله تریاک یا مصرف دو مثقال سرب هم بهتر به مقصود رسند.»
این پیش‌بینی درست درآمد و مدیرکل امنیت داخلی وزارت اطلاعات دلیل بازداشت سعیدی سیرجانی را «حمل و نقل و توزیع و استعمال مواد مخدر»، «ساخت و نگهداری و توزیع مشروبات الکلی»، «فعالیت‌های شنیع اخلاقی و همجنس‌بازی»، «ارتباط با شبکه‌ای از افسران ساواکی مرتبط با کودتای نوژه و فعالیت‌های بمب‌گذاری»، «ارتباط با سرویس اطلاعاتی بیگانه» و «دریافت مبالغ قابل توجهی ارز از شبکه‌های ضدانقلابی مستقر در آمریکا و انگلیس» اعلام کرد.
«کیومرث صابری فومنی» (گل آقا) که با سعیدی سیرجانی در هفته‌نامه «توفیق» سابقه همکاری و دوستی داشت، پاسخ رهبر جمهوری اسلامی را آورده، برای او خوانده، اما اجازه نداشته نامه را به سعیدی سیرجانی تحویل دهد. از نامه بعدی سعیدی سیرجانی مشخص می‌شود که نامه رهبر جمهوری اسلامی «عتاب‌آمیز» بوده و او را «مرتد» و «نامعتقد به اسلام» قلمداد کرده است.
سعیدی سیرجانی نوشت که «مورد قهر» خامنه‌ای قرار گرفته و افزود: «به زودی امت همیشه در صحنه حزب‌الله حسابم را خواهند رسید.»
او همچین در رد اتهام ارتداد نوشت: «مسلمانی صافی اعتقادم و به دین و عقیده‌ام مباهات می‌کنم. هیچ ابله مخالف اسلامی نمی‌آید پانزده سال عمر خود را صرف تصحیح و چاپ مفصل‌ترین تفسیر قرآن [تفسیر سورآبادی] کند.»
سعیدی سیرجانی در پایان این نامه نوشته بود: «آدمیزاده‌ام، آزاده‌ام و دلیلش همین نامه که در حکم فرمان آتش است و نوشیدن جام شوکران. بگذارید آیندگان بدانند که در سرزمین بلاخیز ایران هم بودند مردمی که دلیرانه از جان خود گذشتند و مردانه به استقبال مرگ رفتند.»
پیش از بازداشت او نیز گروهی در دور خانه او جمع می‌شدند و شعار می‌دادند: «سعیدی سیرجانی، سلمان رشدی ثانی»
علی‌اکبر سعید سیرجانی در ۲۴اسفند۱۳۷۲ هنگامی که در چاپخانه مشغول وارسی فرم چاپی یکی از کتابهایش بود، بازداشت شد و به خانه امن منتقل شد.
در طول بازداشت سعیدی سیرجانی اعترافات اجباری او منتشر شد که از جمله آن‌ها نامه خطاب به بازجو در روزنامه اطلاعات در ۱۲خرداد۱۳۷۳ نامه به «کیهانی‌های عزیز» در ۵تیر۱۳۷۳ و گزارش بازدید از مناطق جنگی در روزنامه اطلاعات در ۱۲آبان۱۳۷۳ بود و سعیدی سیرجانی علیه نوشته‌های سابق خود سخن گفت و از جمله اعلام کرد: «صحبتی که با من شد و یک تلنگر سفتی به روح من می‌خورد و آن مسئله نوشته‌ها و کتاب‌های من بعد از انقلاب است.»
«سعید امامی» نیز در سخنرانی خود در دانشگاه همدان گفت که او چند‌بار از مقبره آیت‌الله «خمینی» و یک بار از مناطق جنگی جنوب ایران بازدید کرده و در مناطق جنگی گریه می‌کرده است.
خبر درگذشت علی‌اکبر سعیدی سیرجانی در ۶آذر۱۳۷۳ اعلام و علت مرگ او را «عارضه حاد قلبی» اعلام کردند. به گفته دخترش ماموران وزارت اطلاعات همسر سعیدی سیرجانی را به یکی از خانه‌های امن خود احضار کردند و به این شرط با دفن او موافقت کردند که همسرش کتبا تعهد کند که تقاضای کالبدشکافی نخواهد کرد.
به نوشته عمادالدین باقی یکی از همکاران سعید امامی نزد یکی از روحانیان مشهور که نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی بود، فاش کرده بود که سعیدی سیرجانی در زندان به دستور سعید امامی و با استعمال شیاف حاوی پتاسیم که منجر به سکته می‌شود، به قتل رسید و پزشکی قانونی هم در همان زمان مرگ او را ناشی از سکته قلمداد کرد.
بعدها نام سعیدی سیرجانی در مناسبت‌های مختلف تکرار شد. سعید امامی در سخنرانی خود در دانشگاه همدان گفت که سعیدی سیرجانی خطاب رهبر جمهوری اسلامی شعری نوشته و گفته «شما که سواد ندارید بدهید به رهبرتان بخواند.» بر اساس این روایت سعیدی سیرجانی در این شهر نوشته بود: «ای آنکه تو را ملک ادب زیر نگین است/ حکم تو روان بر دل ارباب یقین است/ زیر دولت اقبال تو که آرایش دین است/ با اهل ادب شیوه رفتار چنین است؟»
سعید امامی گفته که یکی از ماموران وزارت اطلاعات یا بازجوها در پاسخ به او نوشته که «با آنکه منافق صفت و دشمن دین است/ در بین همه اهل ریا دُر ثمین است/ با آنکه با منقل و وافور و می و باده قرین است/با همچو کسی شیوه‌ی رفتار همین است.»
همچنین مهدی کروبی ۱۱اردیبهشت۱۳۸۸ در پاسخ به حملات کیهان نوشت: «بدانید که این بار نه با سعیدی سیرجانی که با مهدی کروبی سخن می‌گویید که کارنامه نیم قرن مبارزه سیاسی او و پدرش و خانواده‌اش در راه انقلاب و نظام روشن است. البته می دانم که در این دیار از سعیدی سیرجانی تا دوست حضرتعالی سعید امامی همه از هر نوع بشر در معرض نیش قلم و قربانی بهتان شما هستند.»
سعیدی سیرجانی در دوره رهبری آیت‌الله خمینی نیز دچار محدودیت بود و انتشار مطلب «شیخ صنعان و دختر ترسا» از او باعث تعطیلی نشریه «نگین» در سال ۱۳۵۸ شد. «شیخ صنعان و دختر ترسا» بخشی از شاهکار «منطق‌الطیر» عطار نیشابوری است؛ اما در اثر سعیدی سیرجانی «شیخ صنعانِ» زمان، عاشق «قدرت خانم» می‌شود و خرقه، دستار، دین و ایمان را در پیرانه‌سر فدای وصال این دلبر پرکرشمه می‌کند. به نوشته محسن کدیور، این اثر «نقد تیز جمهوری اسلامی، امتزاج دین و دولت، و ریاکاران دین به دنیا فروش است.»
احسان مهرابی- ایران وایر: