ری‌شهری به عنوان وزیر اطلاعات مورد اعتماد خمینی از مسئولان اصلی جنایات دهه خونین و سیاه ۶۰ بود
محمد محمدی ری‌شهری، طراح اعدام چند هزار زندانی سیاسی در سال ۱۳۶۷ در ۷۵ سالگی درگذشت. در تابستان سال ۱۳۶۷ حکومت جمهوری اسلامی چند هزار زندانی سیاسی مخالف خود را که تعداد آنها از چهار هزار نفر تا رقمی نامعلوم ذکر می‌شود، ظرف چندین هفته و به طور دسته‌جمعی به قتل رساند. این اعدام‌های دسته‌جمعی که به اعدام‌های ۶۷ مشهورند، بزرگترین کشتار سیاسی مخالفان در تاریخ معاصر ایران به شمار می‌روند.
دادگاه صادق قطب‌زاده به ریاست ری‌شهری
ری‌شهری در زمان این کشتار وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی بود و از او در کنار احمد خمینی فرزند و رئیس دفتر روح‌الله خمینی، رهبر وقت جمهوری اسلامی به عنوان دو طراح اصلی این کشتار یاد می‌شود. معروف است که ری‌شهری و احمد خمینی با دریافت فرمان و فتوای کشتار اعدام زندانیان سیاسی از روح‌الله خمینی کشتار زندانیان سیاسی را طراحی کردند و آن را در تهران به یک کمیته چهار نفره سپردند که به هیات مرگ معروف شد.
یکی از اعضای این کمیته چهار نفره ابراهیم رئیسی، رئیس جمهوری کنونی ایران بود که در آن زمان جانشین دادستان به شمار می‌رفت. مصطفی پورمحمدی معاون ری‌شهری در وزارت اطلاعات عضو دوم این کمیته بود. حسین علی نیری حاکم شرع وقت و اشراقی دادستان تهران دیگر اعضای این کمیته مرگ بودند. کمیته مرگ که مشابه آن در زندان‌های دیگر شهرهای ایران نیز ایجاد شده بود با پرسیدن یک یا دو سوال از هر زندانی که «آیا سر خود موضع هستی؟» (هنوز از مواضع گروه سیاسی خود دفاع می‌کنی) و حتی در مواردی، بدون پرسیدن سوال، چند هزار زندانی سیاسی را اعدام کردند.
ری‌شهری پیش از کشتار زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ به عنوان بزرگترین جنایت در پرونده خود، در سه سمت قضائی دیگر نیز عامل اعدام شمار زیادی از منتقدان و مخالفان جمهوری اسلامی بود.
او در سال ۱۳۵۸ و در دوره آغاز اعدام‌های اوایل انقلاب حاکم شرع دست‌کم پنج شهر بهبهان، گچساران، بروجرد، رشت و گنبد‌کاووس بود و حکم‌های اعدام بسیاری را امضا کرد که از شمار دقیق آنها اطلاعی در دست نیست.
در همان سال ۱۳۵۸ ری‌شهری به عنوان حاکم شرع و ریاست دادگاه‌های ارتش منصوب شد. او در این سمت بویژه در جریان مقابله با کودتای نوژه که به قیام افسران نیز معروف است، شماری از خلبان‌ها و دیگر افسران ارتش را که درصدد سرنگونی جمهوری اسلامی برآمده بودند محاکمه و اعدام کرد.
ری‌شهری همچنین رئیس دادگاه سران بازداشت شده حزب توده و نیز صادق قطب‌زاده یکی از دستیاران ارشد روح‌الله خمینی در پاریس بود که به جرم تلاش برای سرنگونی جمهوری اسلامی محاکمه و اعدام شد.
یکی دیگر از مهم‌ترین سوابق ری‌شهری، توطئه مشترک وی با احمد خمینی در اواسط دهه ۱۳۶۰ برای برکناری حسینعلی منتظری جانشین قانونی روح الله خمینی بود. پس از آنکه در سال ۱۳۶۴ مجلس خبرگان، منتظری را به عنوان قائم‌مقام و جانشین خمینی انتخاب کرد پس از مدت کوتاهی احمد خمینی و ری‌شهری شروع به طراحی توطئه مشترکی برای برکناری او نمودند. احمد خمینی که نیم‌نگاهی به رهبری آینده داشت و در عمل رهبری جریان چپ جمهوری اسلامی را برعهده داشت و اعضای مجمع روحانیون مبارز از نزدیکان او و اطرافیان خمینی بودند تلاش کرد از طریق ری‌شهری و وزارت اطلاعات پرونده‌ای بزرگ علیه منتظری بسازد. در جریان جنگ قدرت در همان سال‌ها مهدی هاشمی برادر داماد منتظری بازداشت و در نهایت اعدام شد. کمتر از دو سال بعد خود منتظری نیز به دلیل انتقادهایش از اعدام چند هزار زندانی سیاسی از جانشینی خمینی برکنار شد. ری‌شهری نه تنها مسئول پرونده و اعدام مهدی هاشمی بود بلکه با هماهنگی احمد خمینی پرونده برکناری منتظری را نیز از آغاز تا پایان پیگیری کرد تا آن‌گونه که در ذهن خود داشت احمد خمینی یا پدر زن و استاد خودش علی مشکینی به رهبری جمهوری اسلامی برسد.
پس از برکناری منتظری در فروردین ۱۳۶۸ در کمتر از دو ماه بعد روح الله خمینی در خرداد ۱۳۶۸ درگذشت و ری‌شهری تلاش کرد تا پدر زن خود علی مشکینی را به عنوان رهبر یا دست‌کم به عنوان یکی از اعضای شورای رهبری برگزیند. با این وجود این بار تلاش او ناکام ماند و علی خامنه‌ای به عنوان رهبر جدید انتخاب شد.
معروف است که ری‌شهری تلاش کرده بود تا خامنه‌ای به رهبری نرسد اما هنگامی که تلاش او نتیجه نداد به معامله‌ای با رهبر جدید دست زد. یکی از مبانی رفتاری علی خامنه‌ای در ۳۲ سال دوره رهبری‌اش این بوده که یا مخالفان قدرتمند خود را حذف کرده و یا با آنها معامله کرده است. ری‌شهری کسی بود که با رهبر جدید معامله کرد. بسیاری از معاونان ری شهری در وزارت اطلاعات به عنوان مسئولین و دستیاران جدید خامنه‌ای در بیت تازه تشکیل رهبری انتخاب شدند و خامنه‌ای هم با واگذاری سمت نمایندگی ولی فقیه در حج و سپس سپردن تولیت آستانه شاه عبدالعظیم در شهر ری ، سهمی از قدرت را به ری‌شهری بخشید. در این چارچوب محمدی گلپایگانی از دستیاران ری‌شهری در وزارت اطلاعات به عنوان رئیس دفتر خامنه‌ای انتخاب شد. اصغر حجازی معاون بخش خارجی وزارت اطلاعات نیز به عنوان مشاور سیاسی- امنیتی رهبر انتخاب شد . گفته می‌شود حجازی در ۳۲ سال گذشته مهم‌ترین و با نفوذ ترین فرد در بیت رهبری بوده است. مصطفی پورمحمدی، علی فلاحیان و حسین طائب دیگر معاونان و دستیاران ری‌شهری بودند که در بیت رهبری مشغول به کار شدند. طراحی اطلاعات موازی در دوره دولت محمد خاتمی از سوی این تیم انجام شد که در نهایت در سال ۱۳۸۸ به تشکیل سازمان اطلاعات سپاه انجامید که حالا مهم‌ترین نهاد اطلاعاتی جمهوری اسلامی است.
ری‌شهری در اواخر عمر خود به رانت تولیت شاه عبدالعظیم و ریاست دانشگاه قرآن و حدیث اکتفا کرده بود و نظاره‌گر تشکیل نهادهای اطلاعاتی جدید از سوی دستیاران و شاگردانش مانند حسین طائب رئیس اطلاعات سپاه بود. ری‌شهری در شرایطی درگذشت که به عنوان وزیر اطلاعات مورد اعتماد خمینی از مسئولان اصلی جنایات دهه خونین و سیاه ۶۰ بود.