محمدتقی مصباح یزدی به‌دلیل سخنانی که در دوران رهبری علی خامنه‌ای و در مدح او بیان کرده بود، شهرت ویژه‌ای میان فعالان سیاسی حامی نظام داشت
در دومین سالگرد مرگ مصباح یزدی، روحانی نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی، معروف به تئوریسین خشونت نظام، علی خامنه‌ای در دیدار با خانواده او از جایگاه فکری و معنوی‌اش تمجید کرد.
رهبر جمهوری اسلامی در این دیدار ضمن مقایسه مصباح یزدی با فیلسوف برجسته آلمانی، هگل، خواستار آن شد که تفکر مصباح در مجامع دانشگاهی و فکری بیش‌ازپیش معرفی شود.
علی خامنه‌ای در این مورد تصریح کرد: «هِگل مگر چند کتاب نوشته؟ افکارش را از داخل این کتاب‌ها استخراج می‌کنند، تخلیص می‌کنند، آن فکر را با بیان‌های مختلف، با زبان‌های مختلف، با شیوه‌های مختلف پخش می‌کنند. این کار [درمورد ایشان هم] باید انجام بگیرد.»
این سخنان درحالی مطرح می‌شود که در جمهوری اسلامی، مصباح یزدی به‌عنوان روحانی تندروی شناخته می‌شود که ایده حکومت اسلامی را ارجح بر جمهوری می‌دانست و بارها بر زیانبار بودن مفهوم صندوق رای در حکومت تاکید کرده بود.
علی خامنه‌ای در این دیدار مصباح یزدی را چهره‌ای منحصربه‌فرد دانست و گفت: «من در مجموعه فضلای برجسته قم که از قدیم می‌شناختیم نگاه می‌کنم، جامع این خصوصیات را در کسی مثل مرحوم آقای مصباح مشاهده نمی‌کنم.»
ابراهیم رئیسی نیز در سخنانی به طلاب حوزه علمیه توصیه کرد که راه مصباح یزدی را برای مقابله با فتنه‌های شکل‌گرفته برابر حکومت ادامه دهند. رئیس دولت سیزدهم در این مورد گفت: «طلاب و حوزه باید به شخصیت آیت‌الله مصباح توجه کنند؛ گفتار و کردار ایشان برای ما حجت است.»
این شیوه حمایت و توصیه به تبعیت از تفکر مصباح یزدی درحالی مطرح می‌شود که به گمان تحلیلگران، سیاست‌های حکومت طی یک دهه اخیر در مسیر حذف جمهوریت و خشونت علیه معترضان و مخالفان ولی‌فقیه حرکت کرده است، برنامه‌ای که مصباح در زمان حیات مهم‌ترین حامی آن در حوزه علمیه قم بود.
در انتخابات مجلس خبرگان سال ۹۴، شکست مصباح یزدی در حوزه انتخابیه تهران و راه نیافتن او به این مجلس، از طرف علی خامنه‌ای به‌عنوان خسرانی برای نظام و خبرگان تلقی شد و او گلایه خود از این اتفاق را به‌طور روشن بیان کرد.
سخنان خامنه‌ای در سال ۹۴، سبب شد مصباح یزدی در انتخابات میان‌دوره‌ای این مجلس بار دیگر و این بار از مشهد کاندید شود که با وجود راهیابی به مجلس خبرگان، پیش از اجرای مراسم سوگند درگذشت.
محمدتقی مصباح یزدی به‌دلیل سخنانی که در دوران رهبری علی خامنه‌ای و در مدح او بیان کرده بود، شهرت ویژه‌ای میان فعالان سیاسی حامی نظام داشت.
او که افتخار خود را بوسیدن پای رهبر جمهوری اسلامی می‌دانست، از دشمنان جریان اصلاحات در ایران شناخته می‌شد و به‌‌واسطه رادیکالیسم مذهبی حاکم بر نظراتش، میان نیروهای اصلاح‌طلب درون حاکمیت به تئوریسین خشونت مشهور بود.
مصباح در دوران پیش از انقلاب با دایر کردن موسسه «در راه حق»، از نیروهای نزدیک به انجمن حجتیه بود که با فعالیت سیاسی روحانیون و تبعیت از روح‌الله خمینی مخالف بودند. رهبر پیشین جمهوری اسلامی در نامه‌ای از انجمن حجتیه به‌عنوان روحانیت طاغوتی یاد کرده بود.
اما مصباح در دوران رهبری علی خامنه‌ای با مدح و ستایش او و ارائه نظریه «ولی‌فقیه نماینده خدا بر زمین و اطاعت از او واجب است»، بارها منتقدان رهبر را به خروج از دین و مشرک‌شدن متهم کرده و کشتن آن‌ها را جایز شرعی دانسته بود.
این روحانی سرشناس همچنین ازجمله افرادی بود که در پرونده‌هایی همچون قتل‌های محفلی کرمان، قتل‌های زنجیره‌ای روشنفکران، ترورها و برخوردهای تخریبی گروه‌های فشار علیه مخالفان و دانشجویان، از او به‌عنوان صادرکننده فتوای مشرک‌بودن قربانیان یاد می‌شد.
در سخنرانی پیش از خطبه‌های نمازجمعه تهران در خرداد سال ۷۸، او با بیان اینکه: «مردم اگر با دلایل قطعی برایشان ثابت شود که توطئه علیه نظام در کار است و می‌خواهند نظام را براندازند، خودشان باید اقدام کنند. این هم از مواردی است که تمسک به خشونت جایز است»، رسما خشونت و جنایت به نفع نظام را شرعی و جایز شمرد.
در انتخابات سال ۸۴ نیز ادعای او مبنی‌بر اینکه «شهادت می‌دهد در خواب یکی از علما دیده شده که امام زمان برای پیروزی احمدی‌نژاد دعا می‌کند»، جنجالی دیگر به کارنامه سیاسی‌اش افزود.
چنین کارنامه‌ای سبب شده است تحسین امروز رهبر جمهوری اسلامی از تفکر مصباح یزدی در میان تحلیلگران، به‌عنوان نشانه‌ای از مطلوب بودن حذف جمهوریت، خشونت علیه معترضان و مخالفان و حذف و ترور آن‌ها به‌حساب بیاید.