در شرایطی که جمهوری اسلامی تلاش می‌کند کاربرد نظامی ماده منفجر شده در «بندر رجایی» را انکار کند اما مرتضی محمودی عضو هیئت اعزامی رئیس مجلس شورای اسلامی به «بندر رجایی» در گفتگو با روزنامه «دنیای اقتصاد» گفته «ماده شیمیایی که در کانتینر بوده کاربردهای مختلفی دارد و در محصولات کشاورزی به عنوان سموم و کود، در حوزه بهداشت و هم در حوزه نظامی استفاده می‌شود.»
وی گفته «محتوای این کانتینر یک ماده شیمیایی است. ابتدا بگویم که آمونیاک و نیترات آمونیوم در کانتینر نبوده و وجود چنین موادی را تکذیب می‌کنیم. همچنین در خصوص اینکه عنوان می‌شود که این ماده، ماده منفجره سوخت نظامی و موشکی است باید بگویم که اصلا چنین چیزی نبوده است. ماده شیمیایی که در کانتینر بوده کاربرد سه‌گانه‌ای دارد و در محصولات کشاورزی به عنوان سموم و کود، در حوزه بهداشت و هم در حوزه نظامی استفاده می‌شود.»
این نماینده مجلس شورای اسلامی در حالی با اطمینان مدعی شده که این ماده آمونیاک و نیترات آمونیوم نبوده که نام این ماده شیمیایی را هم اعلام نکرده است!
او افزوده که «این ماده، یک ماده شیمیایی بوده که کاربرد کشاورزی‌اش بیش از دو کاربرد بهداشتی و نظامی است. اما مهم این است که خلوص این ماده به چه میزان بوده و در حال حاضر کارشناسان در حال بررسی هستند و این موضوع بحث‌های فنی است که ما به این حوزه ورود پیدا نکردیم و اطلاع هم نداریم.»
مرتضی محمودی همچنین گفته «آزمایشگاه‌های دستگاه‌های اجرایی و امنیتی در حال کار هستند تا با تعیین میزان خلوص و میزان حجم انتقال داده شده مشخص می‌شود که این کالا ممنوع بوده و آیا باید در آن بخش مستقر می‌شد یا خیر.»
این نماینده مجلس شورای اسلامی درباره چگونگی انفجار نیز گفته «بر اساس آنچه در تصاویر دوربین‌ها که از زوایای مختلف گرفته شده و دستگاه‌های امنیتی هم مشاهده کردند و همچنین با توجه به بررسی‌های میدانی و گفت‌وگوهایی که بنده به شخصه با مصدومان و کسانی‌که نزدیک‌ترین فاصله را به صحنه داشتند پرسیدم، علت آتش‌سوزی عدم رعایت ایمنی در کار بوده است. احتمالا علت این بوده که لیفتراک محموله را وارد کانتینر کرده و چون از خطرناک بودن محموله مطلع نبوده‌اند، این محموله را در کانتینر رها کرده که منجر به جرقه یا منجر به یک حادثه شعله‌آفرین شده و شعله اولیه را ایجاد کرده است.»
مرتضی محمودی همچنین گفته «تا اینجا برای ما روشن است که این کالا در آن نقطه نباید انبارداری می‌شد، بلکه باید به محل نگهداری کالاهای پرخطر می‌رفت، اما به دلیل اظهار غلط در بارنامه کارکنان پیمانکاری که در آن بندر کار حمل را انجام می‌دادند مطلع از خطرپذیر بودن این کانتینر نبودند. بنابراین رفتاری که با این کالا در جابه‌جایی صورت گرفته رفتار پرخطری بوده است. یعنی به صورت غیرایمن حمل شده و مانند حمل پوشاک با آن رفتار شده است.»
عضو هیئت اعزامی رئیس مجلس شورای اسلامی به «بندر رجایی» همچنین گفته «یک ابهام دیگر وجود زد و بندهای ساختاری در بنادر ما است که چشم‌شان را روی یک کالا می‌بندند و آن کالا وارد می‌شود.»
او درباره ابهام در چند نقطه بودن انفجار نیز گفته «پرتاب اشیا و ترکش‌های این کانتینر یعنی تکه‌های آهن داغ شده کانتینر‌ها و اشیای زیاد قابل اشتعال منجر به شعله‌ور شدن و آتش گرفتن محموله‌های دیگر در فاصله‌های دور شده است. البته انفجار تنها در یک نقطه بوده و در فیلم‌ها و شواهد هیچ انفجار دیگری غیر از انفجار در نقطه کانونی وجود ندارد. بنابراین تنها یک انفجار رخ داده و پرتاب اشیا می‌تواند منجر به آتش‌سوزی در نقاط دیگر انبار شده باشد.»
مرتضی محمودی همچنین گفته «اگر فرضیه غیرعمدی بودن و سهل‌انگاری بودن تقویت شود این موضوع می‌تواند علت انفجار باشد. اما اگر این آتش‌سوزی عمدی و خرابکاری باشد که تاکنون برای ما محرز نیست و آن را رد می‌کنیم، دستگاه‌های امنیتی باید علت حادثه را بررسی کنند.»
انفجار در محوطه شش منطقه آزاد تجاری معروف به «بندر رجایی» با نام پیشین «شه‌بندر» یا «شاه‌بندر» ظهر روز شنبه ۶ اردیبهشت ۱۴۰۴ رخ داد.
احمد میدری وزیر کار جمهوری اسلامی روز پنجشنبه ۱۱ اردیبهشت شمار جانباختگان این انفجار را ۱۰۰ نفر اعلام کرد. تا ساعاتی پیش از اظهارات میدری، مقامات و رسانه‌های حکومتی شمار جانباختگان را ۷۰ تن عنوان می‌کردند.
محمد جمالیان عضو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس شورای اسلامی نیز شمار مجروحان حادثه را که در مراکز بهداشتی پذیرش شدند را ۱۳۷۵ تن عنوان کرده و گفته «۱۲۸۵ نفر ترخیص شده‌اند. ۵ نفر هم در بیمارستان فوت شده‌اند و ۱۴ مورد هم به مراکز درمانی شهر‌های دیگر اعزام شده‌اند.»
همچنین خسارت اقتصادی ناشی از این انفجار دست‌کم چهار میلیارد دلار برآورد شده است. رقمی که تحت عنوان خسارت شرکت‌های بیمه باید پرداخت شود نیز دست‌کم ۱۵ میلیارد ریال برآورد شده است.
از نخستین ساعات بروز این انفجار برخی رسانه‌های غربی از جمله شرکت امنیت دریایی بریتانیایی «آمبری» گزارش دادند این انفجار ناشی از مدیریت نادرست یک محموله مواد شیمیایی شامل پرکلرات آمونیوم، مورد استفاده در تولید سوخت موشک، بوده که چند هفته پیش توسط دو کشتی از چین با ایران ارسال و در این بندر تخلیه شده بود.
مقامات جمهوری اسلامی پس از دو روز سکوت چنین موضوعی را تکذیب کردند. سردار رضا طلایی نیک سخنگوی وزارت دفاع جمهوری اسلامی با گذشت حدود ۴۰ ساعت از این انفجار و در نخستین موضع‌گیری این وزارتخانه مدعی شد که «طبق بررسی‌ها و مستندات هیچگونه محموله وارداتی یا صادراتی برای سوخت و یا کاربرد نظامی در محدوده حادثه آتش سوزی بندر شهید رجایی وجود نداشته و ندارد.»
ابراهیم رضایی سخنگوی کمیسیون امنیت ملی مجلس شورای اسلامی نیز در شبکه «ایکس» نوشت «طبق گزارش‌های اولیه، آنچه در حادثه بندر شهید رجایی آتش گرفته، هیچ ارتباطی با حوزه دفاعی کشور ندارد.»
سکوت معنادار سپاه پاسداران نیز سه روز پس از انفجار با اظهارات احسان مؤذن معاون روابط عمومی نیروی دریایی سپاه شکسته شد؛ او در پاسخ به این سوال که آیا اساسا محموله‌ای مربوط به سپاه بوده است، گفت: «هیچ ربطی ندارد. این اسکله یک اسکله تجاری است و محموله‌های نظامی در اینجا ترددی ندارند.»