مجتبی لطفی، یکی از شاگران و مسوولان دفتر مرحوم آیت الله منتظری درباره‌ی بخشی از اظهارات ابراهیم رئیسی نسبت به ماجرای سال ۶۷ یادداشتی تلگرامی نوشته است که تلخیص شده‌ی آن در پی می‌آید:
آقای رییسی در پاسخ به دانشجویی در باره‌ی اعدام‌های سال ۶۷ گفت: «در آن مقطع افرادی بودند که پرونده های آنها مورد رسیدگی قرار گرفته بود و دادگاه عالی هم احکام دادگاه بدوی را تایید کرده بود. این افراد در رده هایی بودند که اجرای احکام برای آنها ضرورت نداشت، بنابراین در زندان ماندند، حکم امام مبنی بر این بود که پرونده کسانی که اثبات شده است، محارب بودند و قطعا با سازمان منافقین همکاری داشتند، ولی حکم آنها اجرا نشده بود، بررسی شود،هیاتی هم به این پرونده ها رسیدگی کرد که باید حکم آنها اجرایی شود یا نه . اتهام و حکم این افراد در دادگاه صالحه قطعی شده بود، اما متاسفانه این مسائل به صورت روشن بیان نشده است، من حتی به دفتر نشر آثار امام گفتم مبانی فقهی نظر امام را برای مردم روشن کنند….» (ایسنا: کد خبر: ۹۷۰۹۱۸۰۸۹۰۴)
1- اگر زندانیان اعدام شده قبلا به اعدام محکوم شده بودند، چرا در دیدار آیت الله منتظری با مجریان [آن] در همان برهه، چنین ادعایی حتی از سوی جناب شما، نیری، پورمحمدی و اشراقی مطرح نشد و حالا مطرح می‌شود؟! در آن دیدار آیت الله منتظری می‌گوید: «دستگاه قضایی کشور را شما زیر سؤال بردین. چندین سال، شخص آقای نیری، این قاضی اون قاضی، تو این شهر تو اون شهر، یکی را محکوم کرده به ۵ سال به ۶ سال…؛ اینکه حالا ما بیآییم بدون اینکه فعالیت تازه باشد، بگیریم اعدامش کنیم این معنی‌اش این می‌شود که ما همه… خوردیم، همه دستگاه قضایی ما غلط بود، معنی‌اش این نیست؟!»
2- اگر زندانیان، قبلا به اعدام محکوم شده بودند، چرا آیت الله موسوی اردبیلی از امام سوال می‌کند: «آیا این حکم شامل کسانی که محاکمه نشدند، یا شده‌اند و محکوم به زندان شده و مقداری از حکمشان را کشیده‌اند می‌شود؟»
3- از سخنان شما بر می‌آید زندانیان با تخفیف مجازات اعدام نشدند. آیا با عدم انجام جرم جدید می‌توان تخفیف را لغو نمود؟
4- از محاربه نام بردید. در تحریر الوسیله سه قید برای محارب ذکر شده است: اقدام مسلحانه، ترساندن مردم و قصد فساد. با توجه به تخفیف مجازات داده شده، بدست نمی‌آید که حکم بعدی و موضوع بر هم مطابقت نداشته؟
5- از همکاری زندانیان با مجاهدین نام بردید. همکاری اگر در دایره قیود محاربه نباشد حکمش اعدام است؟ چرا آیت الله خمینی دیده‌بان (طلیع) و جمع کننده اموال (ردء) را که با محاربین همکاری می‌کنند محارب نمی‌دانند؟
6- در نامه آیت الله منتظری به امام که در جلسه مربوطه در حضور شما خواندند، نزدیک به ۸ اشکال مهم به اعدام‌ها مطرح کردند؛ چرا در آن جلسه به شبهات مطرح شده پاسخی داده نشد؟
7- اگر جرم اعدامیان همکاری با مجاهدین خلق بود، زندانیان چپ چرا اعدام شدند؟