– حسن روحانی در مقام دبیر شورای امنیت ملی جمهوری اسلامی (۱۳۶۸-۱۳۸۶)، روحانی برای نزدیک به دو دهه دخیل در جنایتکارانه‌ترین تحرکات رژیم جمهوری اسلامی و مسئول نقض گسترده‌ی حقوق بشر در ایران و خارج از ایران بوده است. در زمان ریاست روحانی بر این نهاد، «شورای امنیت ملی جمهوری اسلامی» نهاد عالی امنیتی کشور بود که بر مجموعه‌ی دستگاه‌های اطلاعاتی-امنیتی جمهوری اسلامی از جمله «وزارت اطلاعات» بدنام رژیم نظارت داشت.
رضا پرچی‌زاده – حسن روحانی پیش از آنکه رئیس جمهور بشود کمتر در عرصه‌ی عمومی شناخته‌شده بود. به همین دلیل هم عموم مردم ایران، رسانه‌های خارجی و نهادهای بین‌المللی کمتر از سوابق جنایتکارانه‌ی وی اطلاع داشتند. ناآگاهی عمومی در باب روحانی در حدی بود که در سال ۱۳۹۲ جمع کثیری از مردم ایران گول «اعتدال»ی را خوردند که استمرارطلبانِ رژیم برای کسب منافع خود به وی نسبت می‌دادند؛ و از طرف دیگر دولت اوباما به خیال «معتدل» بودن وی که لابییست‌های رژیم در آمریکا تبلیغ‌اش می‌کردند به طمع امضای برجام با دولت روحانی و وزیرخارجه‌ی دروغگویش جواد ظریف افتاد.
حسن روحانی ۸ فوریه ۲۰۱۶ به محمدجواد ظریف برای نقش وی در قرارداد هستهای نشان لیاقت داد
با این وجود، حقیقت این است که در مقام دبیر شورای امنیت ملی جمهوری اسلامی (۱۳۶۸-۱۳۸۶)، روحانی برای نزدیک به دو دهه دخیل در جنایتکارانه‌ترین تحرکات رژیم جمهوری اسلامی و مسئول نقض گسترده‌ی حقوق بشر در ایران و خارج از ایران بوده است. در زمان ریاست روحانی بر این نهاد، «شورای امنیت ملی جمهوری اسلامی» نهاد عالی امنیتی کشور بود که بر مجموعه‌ی دستگاه‌های اطلاعاتی-امنیتی جمهوری اسلامی از جمله «وزارت اطلاعات» بدنام رژیم نظارت داشت.
این دوران مطابق با زمانی است که دستگاه امنیتی رژیم جمهوری اسلامی، متشکل از واحدهای اطلاعاتی- نظامی، عملیات‌های تروریستی گسترده‌ای علیه شهروندان ایرانی، منتقدان و مخالفان رژیم، و همچنین شهروندان کشورهایی که رژیم آنها را مخالف یا «دشمن» یا تهدید علیه خود می‌دانست صورت داد. قتل‌های زنجیره‌ای در ایران، قتل مخالفان جمهوری اسلامی در اروپا، انفجار مرکز همیاری یهودیان آرژانتین و اسرائیل در بوئنوس آیرس، انفجار برج‌های خُبار در ظهران عربستان، و سرکوب خیزش دانشجویی تیرماه ۱۳۷۸ در تهران از مهمترین موارد نقض حقوق بشر توسطِ یا با هدایت حسن روحانی هستند. در مقاله‌ی پیش رو این موارد با جزئیات مورد بررسی قرار خواهند گرفت.
قتل‌های زنجیره‌ای در ایران
«قتل‌های زنجیره‌ای» به کشتار سیستماتیک برخی از شخصیت‌های سیاسی، فرهنگی، و اجتماعیِ منتقد رژیم جمهوری اسلامی در انتهای دهه‌ی شصت و بیشینه‌ی دهه‌ی هفتاد خورشیدی در ایران گفته می‌شود. بسیاری از قربانیان این قتل‌ها هنوز ناشناخته هستند. قربانیان شناخته‌شده‌ی این قتل‌ها اما بیش از ۸۰ نفر از نویسندگان، مترجمان، شاعران، کنشگران سیاسی و شهروندان عادی‌اند که با روش‌های گوناگونی مانند تصادف اتومبیل، ضربات چاقو، تیراندازی در سرقت‌های مسلحانه و تزریق پتاسیم به منظور شبیه‌سازی حمله قلبی به قتل رسیدند. این مجموعه قتل‌ها با فتوای برخی از روحانیون بلندپایه و به دست پرسنل وزارت اطلاعات رژیم انجام می‌گرفت. در آن زمان وزارت اطلاعات زیرمجموعه‌ی شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی به دبیریِ حسن روحانی بود.
قتل مخالفان جمهوری اسلامی در اروپا
همزمان با قتل‌های زنجیره‌ای در داخل ایران، وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی با همکاری «سپاه قدس» که در آن زمان تازه در حال شکل گرفتن بود، شمار قابل توجهی از مخالفان رژیم جمهوری اسلامی در اروپا را ترور کرد. مشهورترین مخالفان رژیم که در اروپا به قتل رسیدند این افراد بودند: عبدالرحمن قاسملو رهبر حزب دموکرات کردستان که در سال ۱۳۶۸ در وین و بر سر میز مذاکرات صلح با جمهوری اسلامی به قتل رسید؛ چند سال بعد جانشین وی، صادق شرفکندی در سال ۱۳۷۱ به همراه چند نفر دیگر در رستوران «میکونوس» در برلین به رگبار بسته شد؛ عبدالرحمن برومند فعال سیاسی و رئیس هیات اجرایی نهضت مقاومت ملی ایران که در سال ۱۳۷۰ در پاریس با ضربات کارد به قتل رسید؛ شاپور بختیار آخرین نخست وزیر شاه و مشهورترین مخالف سیاسی رژیم که در سال ۱۳۷۰ به همراه منشی‌اش در پاریس کاردآجین شد؛ و فریدون فرخزاد هنرمند مخالف رژیم جمهوری اسلامی که در سال ۱۳۷۱ در آلمان با ضربات کارد به قتل رسید. حسن روحانی به عنوان دبیر شورای عالی امنیت ملی رژیم جمهوری اسلامی، از متهمان اصلی این قتل‌هاست.
انفجار مرکز همیاری یهودیان آرژانتین و اسرائیل (آمیا)
در کنار قتل مخالفان رژیم در خارج کشور، دستگاه امنیتی جمهوری اسلامی به انجام عملیات‌های تروریستی علیه اتباع خارجی که رژیم آنها را دشمن خود می‌دانست نیز مشغول بود. یکی از مهمترین و شناخته‌ترینِ این موارد، انفجار «مرکز همیاری یهودیان آرژانتین و اسرائیل» (آمیا) است که در سال ۱۹۹۴ در بوئنوس آیرس اتفاق افتاد. در جریان این حادثه که مرگبارترین حمله‌ی تروریستیِ تاریخِ آرژانتین است، ۸۵ نفر از شهروندان یهودی‌تبار آرژانتینی جان خود را از دست دادند و بیش از ۳۰۰ نفر زخمی شدند. مسئولیت این حمله‌ی تروریستی را سازمانی به نام «جهاد اسلامی فلسطین» بر عهده گرفت.
با این وجود، تحقیقات مقامات قضایی آرژانتین طی چندین دهه سرانجام روشن کرد که دستگاه امنیتی رژیم جمهوری اسلامی در این حمله‌ی تروریستی نقش مستقیم داشته است. آرژانتین بعد از انجام تحقیقات مفصل در مورد این انفجار اعلام کرد که نقشه این بمب‌گذاری در تهران کشیده شده و به دست حزب‌الله لبنان با فرماندهی عماد مغینه انجام شده است. آلبرتو نیسمان دادستان یهودی‌تبار آرژانتینی که در جریان بررسی پرونده‌ی آمیا به قتل رسید، پیش از قتل‌اش در سال ۲۰۱۵ به خبرنگاران گفته بود مدارک متقنی در دست دارد که نشان می‌دهد جمهوری اسلامی در حمله‌ی تروریستیِ بوئنوس آیرس دست داشته است.
انفجار برج‌های خُبار در عربستان
انفجار آپارتمان‌های محل سکونت نیروهای «ائتلاف» در برج‌های خبار در شهر ظهران عربستان سعودی یکی دیگر از عملیات‌های تروریستی گسترده‌ی جمهوری اسلامی بر ضد اتباع خارجی است که در زمان صدارت حسن روحانی بر دستگاه امنیتی رژیم انجام شد. در سال ۱۹۹۶ یک کامیون بمب‌گذاری‌شده خود را به برج‌های خبار در پایگاه نیروهای آمریکایی کوبید، که در اثر آن ۱۹ سرباز آمریکایی کشته و حدود ۴۰۰ تن زخمی شدند. این حمله‌ی انتحاری به القاعده نسبت داده شد، اما شواهد بعدی نشان داد این حمله در تهران طراحی و توسط گروهی به نام «حزب‌الله حجاز» اجرا شده.
سرکوب خیزش دانشجویی تیرماه ۱۳۷۸
آخرین مورد علنی نقض گسترده‌ی حقوق بشر توسط حسن روحانی در دوران ریاست‌اش بر شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی، سرکوب خیزش دانشجویی در تیرماه سال ۱۳۷۸ بود. پس از چند روز اعتصاب و تظاهرات دانشجویان در تهران در اعتراض به سیاست‌های سرکوبگرانه‌ی رژیم در قابل آزادی‌خواهان و مطبوعات، حسن روحانی در تاریخ ۲۳ تیر ۱۳۷۸ سخنرانی تندی علیه دانشجویان کرد که مسیر سرکوب آنها توسط دستگاه امنیتی رژیم را هموار نمود. در ین سخنرانی، روحانی دانشجویان و معترضان را «محارب» خواند، که تحت قوانین قضایی جمهوری اسلامی حکمش اعدام است. او گفت «با عناصر خشونت‌طلب در این چند روز و با این اشرار برخورد قاطع خواهد شد تا برای دیگران درس عبرت باشد.»
روحانی در ادامه در حمله به دانشجویان معترض در تیرماه سال ۱۳۷۸ افزود: «بی‌تردید این افراد دشمن مردم ایران و ارزش‌های این مرز و بوم هستند. ادامه این وضع برای نظام ما، کشور ما و ملت ما قابل تحمل نخواهد بود. دیروز نسبت به این عناصر دستور قاطع داده شد. دیروز غروب دستور قاطع صادر شد با هرگونه حرکت این عناصر فرصت‌طلب، هرکجا که باشد، با شدت و با قاطعیت برخورد شود و سرکوب شوند. مردم ما شاهد خواهند بود که از امروز نیروی انتظامی، نیروی قهرمان بسیج حاضر در صحنه، با این عناصر فرصت‌طلب و آشوبگر– اگر جرات ادامه حرکت مذبوحانه داشته باشند– چه خواهند کرد.»