روحانیون یکی از پایه‌های حکومت جمهوری اسلامی را تشکیل می‌دهند اما در این میان برخی از مراجع تقلید و روحانیون شاخص در همه‌پرسی ۵۸ شرکت نکردند و برخی نیز مدت کوتاهی پس از رای دادن پشیمان شده و از اقدامات حکومت ابراز برائت کردند.
آیت‌الله خمینی گفته بود مردم آزادند به جمهوری اسلامی رأی مثبت یا منفی دهند و در عین حال کسانی که رأی منفی دادند را «مشتی ماجراجو و از خدا بی‌خبر» خوانده بود.
رادیو فردا :
آنها که به جمهوری اسلامی نه گفتند
آیت‌الله محمدحسین طباطبایی؛ «آبروی شیعه»
محمدحسین طباطبایی، مشهور به علامه طباطبایی، نویسنده تفسیر المیزان، در همه‌پرسی جمهوری اسلامی شرکت نکرد. آیت‌الله طباطبایی در تبلیغات رسمی جمهوری اسلامی و سخنان روحانیون بسیار تکریم و از تفسیر او با عنوان «آبروی شیعه» نام برده می‌شود.
آیت‌الله طباطبایی در امور سیاسی چندان فعال نبود اما به گفته ابراهیم امینی، امام جمعه سابق قم، همراه با چهره‌هایی چون آیت‌الله گلپایگانی مرجع تقلید شیعه، نامه‌ای را در اعتراض به اصلاحات ارضی امضا کرد.
علامه طباطبایی در کنار برخی از روحانیان سرشناس جمهوری اسلامی از جمله محمدرضا توسلی، ناصر مکارم شیرازی، حسن لاهوتی و محمد یزدی.
آیت‌الله طباطبایی و آیت‌الله خمینی از جمله روحانیونی بودند که برخلاف رویه معمول حوزه علمیه درس فلسفه می‌گفتند اما کلاس‌های او بیش از آیت‌الله خمینی رونق داشت.
روابط دو آیت‌الله حتی در موضوعات شخصی نیز پیش از انقلاب گرم نبود و براساس روایت‌ها، حتی وقتی او مستأجر آیت الله خمینی بوده و اجاره‌اش چند ماه به تأخیر می افتد، آیت‌الله پسندیده برادر آیت‌الله خمینی و نماینده او، تمدید مهلت را نپذیرفت و آیت‌الله طباطبایی این خانه را تخلیه کرد.
نجمه سادات طباطبایی، دختر آیت‌الله طباطبایی و همسر علی قدوسی نیز ضمن تأیید اصل این موضوع روایت دیگری دارد و می‌گوید آیت‌الله خمینی به او پیغام داده اگر تمایل دارد در خانه زندگی کند و او اجاره‌اش را «از سهم امام» پرداخت کند، اما آیت‌الله طباطبایی از وجوهات استفاده نمی‌کرده و خانه را تخلیه کرده است.
بر اساس نوشته محسن کدیور، پژوهشگر دینی، آیت‌الله طباطبایی همچنین در دیدار گروهی که پس از ترور علی قدوسی، دادستان کل انقلاب و دامادش برای گفتن تسلیت به نزدش رفته بودند، گفته بود این انقلاب «یک شهید واقعی» داشت «که مظلومانه هم شهید شد و آن اسلام بود».
اما محمدحسین قدوسی، نوه آیت‌الله طباطبایی، ضمن تکذیب این روایت نوشته است که او «در امور سیاسی زاویه‌ای روشن و آشکار» با آیت‌الله خمینی داشت.
رضا صدر؛ در زندان ولایت فقیه
آیت‌الله رضا صدر، برادر امام موسی صدر نیز از جمله روحانیون شاخصی بود که به جمهوری اسلامی رأی نداد. رضا صدر در حوزه علمیه فلسفه تدریس می‌کرد، گفته که آیت‌الله خمینی در دیداری در نجف به او توصیه کرده که با وجود مخالفت‌ها تدریس فلسفه را ادامه دهد.
او به وصیت آیت‌الله شریعتمداری باید بر جنازه‌اش نماز می‌خواند اما جنازه این مرجع تقلید مخفیانه به خاک سپرده شد و آیت‌الله رضا صدر به مدت یک روز بازداشت شد. آیت‌الله صدر این اتفاقات را در نوشته مفصلی با عنوان در «زندان ولایت فقیه» ثبت کرده است.
به گفته خودش، از آیت‌الله خمینی خواسته بود جمهوری اعلام کند، نه جمهوری اسلامی چرا که «جمهورى اسلامى به هر شکلى که در آینده حکومت کند ناراضی بسیار خواهد داشت، و اینان از اسلام ناراضى خواهند شد پس جمهورى اسلامى به زیان اسلام است».
براساس این نوشته، او منتقد اقدامات دادگاه‌های انقلاب، حجاب اجباری و ایجاد گروه حزب‌الله لبنان بوده است. او در آبان ۷۳ و در ۷۶ سالگی درگذشت.
آیت‌الله احمد خوانساری؛ مرجع محتاط
آیت‌الله احمد خوانساری که پس از فوت آیت‌الله بروجردی یکی از مراجع تقلید اصلی بود نیز براساس روایت‌ها به جمهوری اسلامی رأی نداده است.
آیت‌الله منتظری در توصیف آیت‌الله خوانساری گفته که منتقدانش «از باب متلک» می‌گفتند، «اگر در یک ورقه فقط لا اله الا الله را بنویسید»، او آن را امضا نمی‌کند.
آیت‌الله خمینی و شاگردانش از اینکه این مرجع تقلید در فعالیت‌های سیاسی مشارکت ندارد، انتقاد می‌کردند. با این حال ده‌ها روایت از مقامات جمهوری اسلامی نقل شده که نزدیکانشان از این مرجع تقلید خواسته‌اند برایشان نزد حکومت وساطت کند و او نیز این اقدام را انجام داده است.
همسر آیت‌الله خمینی نیز گفته که پس از تبعید آیت‌الله خمینی به ترکیه و بی‌خبری از او، فضل‌الله خوانساری داماد آیت‌الله خوانساری، «موفق به کسب اجازه از رژیم شد تا به دیدار امام برود».
این وساطت‌ها اما پس از انقلاب به زیان آیت‌الله احمد خوانساری تمام شد و روحانیون نزدیک آیت‌الله خمینی علیه او فضاسازی کردند.
صادق خلخالی نقل کرده که او و محسن رفیق دوست و هادی غفاری، وقتی که این مرجع تقلید شیعه و جعفر پسرش، نزد آیت‌الله خمینی در مدرسه رفاه می رود، جلوی ورود پسرش را می گیرند و او نیز وقتی به آیت‌الله خمینی می‌رسد و متوجه این موضوع می‌شود، احوالپرسی را تمام نکرده خداحافظی می‌کند. این مرجع تقلید در سال ۶۳ درگذشت.
برادران مجتهد زنجانی؛ «رساله تمام عیار» درباره «انحراف انقلاب»
محسن کدیور نوشته که ابوالفضل موسوی مجتهد زنجانی و سیدرضا موسوی مجتهد زنجانی «به احتمال قوی در همه‌پرسی جمهوری اسلامی شرکت نکردند، و مطمئناً با جمهوری اسلامی از آغاز مخالف بودند».
به نوشته علی اشرف فتحی، روزنامه‌نگار و مدرس حوزه علمیه، «هر دو برادر از نظر فقهی و اصولی در جایگاهی بوده‌اند که می‌توانستند به راحتی، جزو مراجع تقلید برجسته شیعه شوند».
پدرشان، آیت‌الله سیدمحمد موسوی زنجانی نیز از شاخص‌ترین مجتهدین مشروطه‌خواه زنجان بود.
ابوالفضل موسوی مجتهد زنجانی نخستین امام جماعت حسینیه ارشاد، امام جماعت نماز مشهور عید فطر ۵۶ در تپه‌های قیطریه و عضو «کمیته ایرانی دفاع از آزادی و حقوق بشر» بود.
رضا موسوی مجتهد زنجانی، برادر کوچکتر، نیز محور «نهضت مقاومت ملی» بود که پس از سقوط دولت مصدق تشکیل شد. او همچنین بر پیکر مصدق نماز خواند.
برادران زنجانی همچنین به همراه روحانیونی چون آیت‌الله میرسید علی رضوی قمی و محمود طالقانی، تشکلی به نام «هیئت علمیه تهران» را تأسیس می‌کنند که نخستین تشکل در تاریخ فعالیت روحانیون پایتخت محسوب می‌شود.
این دو برادر پس از انقلاب ۵۷ سمت سیاسی نگرفتند. ابوالفضل موسوی زنجانی گفته بود که با وجود سوابق مبارزاتی خود ترجیح می‌دهد در «چنین فتنه و اوضاع آشفته که آن طرفش ناپیداست» شرکت نکند.
او در شهریور ماه ۵۹ اعلامیه‌ای را منتشر کرد که محسن کدیور آن را یک «رساله تمام عیار» درباره «انحراف انقلاب» خوانده است.
این مجتهد شیعه در این بیانیه با ذکر مثال‌های تاریخی از پیامبر و امامان شیعه، از «پرونده سازی» برای مردم، «تفتیش عقاید»، اقدامات دادگاه‌های انقلاب، تعطیلی دانشگاه‌ها و مصادره اموال افراد شدیداً انتقاد کرده بود.
او همچنین نوشته بود که ولایت فقیه به معنای «حکومت مطلقه و نامحدود ادعای بدون دلیل است».
عبدالکریم موسوی اردبیلی، رئیس دیوان عالی کشور و یا به تعبیری رئیس قوه قضائیه وقت، گفته که پس از انتشار این بیانیه از رهبر جمهوری اسلامی درباره برخورد با ابوالفضل موسوی سؤال می‌کند و آیت‌الله خمینی می‌گوید، با او «کاری نداشته باشید».
رضا موسوی زنجانی نیز یک سال بعد نامه تندی در انتقاد از اقدامات حکومت نوشت. او در ۱۴ دی ماه ۶۲ درگذشت و در میان شعارهای «مرگ بر منافق» هواداران آیت‌الله خمینی در حرم «حضرت معصومه» در قم دفن شد.
براساس برخی روایت‌ها ابوالفضل موسوی زنجانی در خانه خود جلسات هفتگی برگزار می‌کرد و برخی چهره‌ها مانند مهدی بازرگان و یدالله سحابی درآن شرکت می‌کردند. محسن کدیور اما نوشته که او محدودیت‌هایی شبیه به حصر داشت. او در سال ۸۱ درگذشت.
مرتضی حائری یزدی؛ پسر «آیت‌اللهِ موسس»
مرتضی حائری یزدی، فرزند عبدالکریم حائری یزدی، مؤسس حوزه علمیه قم بود. او با آیت‌الله خمینی رابطه نزدیکی داشت و دخترش همسر مصطفی خمینی بود. با این حال از ابتدا با روش مبارزه آیت‌الله خمینی و کشته شدن مردم در اعتراض‌ها مخالف بود.
صادق خلخالی نقل کرده که آیت‌الله خمینی در نجف نامه‌ای را به مصطفی خمینی نشان داده و گفته که پدرزنش خطاب به او نوشته «هیچ یک از کارهای شما با اسلام سازگار نیست».
در حالی که محسن کدیور نام مرتضی حائری را جزو روحانیون شاخصی ذکر کرده که به جمهوری اسلامی رأی ندادند، او به عنوان عضو مجلس خبرگان قانون اساسی انتخاب شد و بر روی ثبت تشییع به عنوان مذهب رسمی کشور اصرار داشت.
برخی از نزدیکان آیت‌الله خمینی از جمله حسن خمینی ذکر کرده‌اند که او از شنیدن خبرهای مربوط به اقدامات دادگاه‌ها بیمار شده بود.
هاشمی رفسنجانی و حسین خمینی نیز نقل کرده‌اند که در مراسم ختم او، نجمه حائری کوچک‌ترین فرزندش به احمد خمینی که برای تسلیت حاضر شده بود اعتراض و به اقدامات حکومت اعتراض کرده است.
مهدی حائری یزدی؛ نویسنده «حکمت و حکومت»
مهدی حائری، دیگر فرزند مؤسس حوزه علمیه قم پس از تحصیلات در حوزه سال ۱۳۲۰ به تهران آمد و در همان سال در انتخابات مجلس شورای ملی از یزد شرکت کرد اما انتخاب نشد.
او در سال ۱۳۳۴ با رتبه دانشیاری به تدریس در دانشکده الهیات پرداخت و پس از پنج سال به مقام استادی ارتقا یافت.
مهدی حائری در سال ۱۳۴۹ به عنوان مجتهد تام‌الاختیار از سوی آیت‌الله بروجردی برای پاسخگویی به سؤالات دانشجویان عازم آمریکا شد و همزمان با اقدامات مذهبی تحصیلات دانشگاهی خود را در دوره لیسانس فلسفه آغاز کرد تا اینکه در سال ۱۳۵۸ دکترای خود را دریافت کرد.
او پس از انقلاب به عنوان سرپرست سفارت ایران در آمریکا انتخاب شد اما به گفته خودش به دلیل دخالت برخی افراد از این سمت استعفا داد. مهدی حائری سپس به ایران بازگشت اما گفته که در شرایط شبیه حصر زندگی می‌کرده است تا اینکه سال ۶۲ از ایران خارج شد و در لندن اقامت کرد.
کتاب «حکمت و حکومت» او که سال ۷۳ نوشته شده در ایران امکان انتشار نیافت. او در این کتاب نوشته که ولایت فقیه «به معنای آیین کشورداری اساساً بدون پایه و ریشە فقهی است».
حائری یزدی درکتاب خاطرات خود خاطرات گوناگونی از آیت‌الله خمینی نقل کرده است. از جمله این که در اواسط دهه ۱۳۳۰ آقای خمینی از طرف آیت‌الله بروجردی بروجردی به ملاقات شاه رفت و از او خواست «مانند پدرش برای بهایی‌ها محدودیت قائل شود». او سال ۷۸ در تهران درگذشت.
آنها که از رأی به جمهوری اسلامی پشیمان شدند
آیت‌الله کاظم شریعتمداری؛ اولین مرجع تقلید محصور
آیت‌الله کاظم شریعتمداری جزو مراجع تقلیدی بود که با مرجع تقلید خواندن آیت‌الله خمینی از محاکمه او جلوگیری کرد.
این مرجع تقلید پس از انقلاب با برخی از اصول قانون اساسی از جمله اصل ولایت فقیه مخالف بود اما در نهایت به آن رأی داد. او معتقد بود که در رفراندوم جمهوری اسلامی به‌جای «آری» یا «نه»، باید امکان انتخاب مردم بین گزینه‌های متعدد وجود داشته باشد.
در رفراندوم قانون اساسی تلویزیون بیانیه یکی از روحانیون ناشناس در تهران با فامیلی شریعتمداری درباره رأی مثبت به قانون اساسی را به عنوان اطلاعیه آیت‌الله شریعتمداری پخش کرد که این موضوع اعتراض هواداران او را به دنبال داشت.
در ۱۴ آذر ۵۸ نیز افرادی به خانه این مرجع تقلید در قم حمله مسلحانه کردند و یکی از افرادی که در پشت بام خانه مشغول حفاظت بود، کشته شد. پس از آن حامیان آیت‌الله شریعتمداری در تبریز اعتراض و برخی مراکز از جمله صدا و سیما را تصرف کردند.
در نهایت نیروهای سپاه پاسداران این مراکز را از کنترل نیروهای حامی آیت‌الله شریعتمداری خارج کردند و به گفته حسین موسوی تبریزی، دادستان کل انقلاب، ۱۲ نفر از افرادی که مراکز دولتی را تصرف کرده بودند اعدام شدند.
هر چند این درگیری‌ها به صورت ظاهری پایان یافت اما نزدیکان آیت‌الله خمینی مترصد فرصتی برای ضربه به آیت‌الله شریعتمداری بودند و در ۲۷ فروردین ۶۱ این مرجع تقلید به اتهام نقش داشتن در کودتای صادق قطب‌زاده حصر شد. اتهامی که نزدیکان آیت‌الله شریعتمداری آن را رد می‌کنند.
این مرجع تقلید تا اسفند ۶۴ در حصر ماند و تنها ۴۰ روز پیش از مرگش به بیمارستان منتقل شده بود در حالی که به گفته محسن کدیور، سران نظام جمهوری اسلامی از سال ۶۱ از بیماری سرطان او اطلاع داشتند اما آیت‌الله خمینی گفته بود که او «باید در خانه‌اش محبوس باشد تا با مرضش بپوسد و بمیرد».
شیخ بهاءالدین محلاتی؛ رهبر اعتراض ۱۵ خرداد در شیراز
از آیت‌الله بهاءالدین محلاتی به عنوان رهبر «قیام ۱۵ خرداد در شیراز» نام برده می‌شود. او مدتی بعد اما از رأی به جمهوری اسلامی پشیمان شد و از اقدامات حکومت انتقاد کرد.
او بیستم بهمن ماه ۵۹ در پاسخ به استفتای عباس رادنیا، ابوالقاسم پاکدامن، امیرحسین فولادی نوشت که امروز «به نام اسلام و حکومت علی‌گونه و با ادعای آزادی و غیروابستگی، شاهد همان ماجراهای دردناک و تکرار مظالم گذشته هستیم».
این مرجع تقلید در این نامه از موضوعاتی چون اعدام‌ها، «شکنجه متهمین و محکومین به نام تعزیر» «تهاجمی وحشتناک به دانشگاه‌ها به نام انقلاب فرهنگی» انتقاد کرد.
او تأکید کرد که این اقدامات « نه‌تنها با اسلام که محمد مبشّر آن بود مطابقت ندارد بلکه مایه آبروریزی برای انقلاب اسلامی ایران است». آیت‌الله محلاتی پیش از این بیانیه نیز نامه‌ای به آیت‌الله خمینی با همین مضامین نوشته بود.
او یک ماه بعد از صدور این بیانیه سکته کرد و پس از مدتی معالجه در تهران در خرداد ماه به شیراز بازگشت و در ۲۷ خرداد ۶۰ فوت شد.
هرچند آیت‌الله خمینی پسرش احمد را برای عیادت از او به بیمارستان فرستاد اما از برگزاری مراسم ختمش در مسجد ارگ تهران به دعوت برادران موسوی مجتهد زنجانی و مهدی حائری یزدی جلوگیری شد.
آیت‌الله حسن طباطبایی قمی؛ معتقد به شورای مراجع تقلید
آیت‌الله حسن طباطبایی قمی رهبر قیام ۱۵ خرداد ۴۲ در مشهد بود و در حکومت شاهنشاهی سال‌ها زندانی و تبعید شده بود اما پس از انقلاب نیز منتقد اقدامات حکومت شد.
او از موضع یک فقیه سنتی مخالف ولایت فقیه و به شورای مراجع تقلید برای اداره حکومت اسلامی معتقد بود.
همچنین نزدیکان آیت‌الله خمینی نقل کرده‌اند که او در دیدار با آیت‌الله خمینی در بیمارستان نیز از مواردی چون اقدامات دادگاه‌های انقلاب، مصادره اموال افراد و تشکیل حزب جمهوری اسلامی انتقاد کرده بود به گونه‌ای که صدایش نیز بلند شده بود.
آیت‌الله طباطبایی قمی همچنین در آخرین مصاحبه‌اش به «سلب آزادی‌های مردم»، «سانسور» و «عدم آزادی بیان»، «دخالت قضات در کارهای قانونگذاری و سیاسی» و « ایجاد دادگاه‌های کذایی» اعتراض کرد.
او در چهارم خرداد ۵۸ نیز در تلگرافی به آیت‌الله خمینی به اقدامات حکومت اعتراض کرده بود و رهبر جمهوری اسلامی چهار روز بعد درپاسخ به این تلگراف تنها نوشت: «لزوم وحدت کلمه در این موقع که جنایتکاران به دسیسه و توطئه علیه اسلام و جمهوری اسلامی پرداخته‌اند از اهمّ وظایف است. از جنابعالی امید دعای خیر دارم».
بر اساس برخی روایت‌ها او در سال ۶۰ به حصر رفته اما درباره زمان دقیق حصر او گزارشی وجود ندارد. حصر او در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای که به گفته محسن کدیور، حداقل یک سال شاگردش بوده نیز ادامه یافت.
در نهایت آیت‌الله طباطبایی قمی پس از ۱۵ سال و در حالی که ویلچرنشین شده بود به صورت تدریجی رفع حصر شد و در سال ۸۶ درگذشت.