پس از آن که وزارت اطلاعات شکنجه اسماعیل بخشی را انکار کرد، رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس مدعی شد که این کارگر نیشکر هفت تپه با حزب کمونیست کارگری ارتباط دارد و در زمان بازداشت و در مسیر انتقال، با ماموران درگیر شده است.
عصر سه‌شنبه ۱۸ دی (هشتم ژانویه)، حشمت‌الله فلاحت‌پیشه، رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس، گفت در نشست مشترک با وزیر اطلاعات، معاونان وزارت و مدیرکل اطلاعات خوزستان، فیلم‌هایی از “آشوب‌ها، اعتراض‌ها و اعترافات” پخش شد و کمیسیون با توجه به این فیلم‌ها و اظهارات مسئولان وزارت اطلاعات نتیجه گرفت که شکنجه‌ای در کار نبوده است.
او به خبرگزاری خانه ملت گفت: «آقای بخشی در این فیلم‌ها انکار نمی‌کند که عضو یک حزب کمونیست، فکر کنم گفت حزب کمونیست کارگری بوده است… البته صدا کاملا مفهوم نبود…»
دویچه وله:
فلاحت پیشه ادعا کرد که اسماعیل بخشی در مسیر بازداشت و انتقال، در زمان دستگیری با ماموران درگیر شده اما چیزی به نام شکنجه صورت نگرفته است.
رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس مسئله را به “جوسازی” رسانه‌های خارجی نسبت داد و طرح موضوع پس از ۲۰ روز بازداشت را زیر سوال برد. او اعلام کرد که موضوع رسیدگی به سخنان اسماعیل بخشی از دستور کار مجلس خارج شده است.
صبح همین روز حسن روحانی دستور داده بود مسئله با “دقت و سرعت” بررسی شود. علی مطهری، نایب رئیس مجلس ایران، پیش‌تر گفته بود: «اگر ادعاهای آقای بخشی واقعیت داشته باشد، معلوم می‌شود که هنوز درون وزارت اطلاعات نیروهایی هستند که خیال می‌کنند برای حفظ نظام از هر وسیله‌ای می‌توان استفاده کرد. این پدیده برای دولت تدبیر و امید که با شعار آزادی و دفاع از حقوق شهروندی روی کار آمده، مایه شرمساری است.»
قبل از گفت‌وگوی ویدئویی فلاحت پیشه، سخنگوی کمیسیون امنیت ملی مجلس نیز اعلام کرده بود که موضوع شکنجه اسماعیل بخشی منتفی است. او به نقل از وزیر اطلاعات گفته بود: «کار اطلاعاتی با قاطعیت و در عین حال با حفظ حرمت افراد انجام می‌شود.»
کمیسیون امنیت ملی مجلس در حالی موضوع را مختومه اعلام کرده که علیرضا رحیمی، نماینده مجلس، از تلاش برای حضور اسماعیل بخشی در جلسه مشترک با وزیر اطلاعات خبر داده بود. یک روز قبل، رئیس قوه قضاییه گفته بود موضوع بررسی می‌شود اما زندانی نباید گمان کند که محیط زندان باید مثل یک هتل باشد.
اسماعیل بخشی چند روز قبل در اینستاگرام خود نوشته بود در طول بازداشت آن قدر شکنجه شد که سه روز نمی‌توانست حرکت کند. او وزیر اطلاعات را به مناظره زنده تلویزیونی و پاسخگویی به پرونده بازداشت خود دعوت کرد.
اسماعیل بخشی اواخر آبان در جریان اعتراضات کارگران نیشکر هفت تپه بازداشت شد و حدود یک ماه در اختیار ماموران وزارت اطلاعات بود. فرزانه زیلایی، وکیل او، خبر داده که موکلش برای تکذیب حرف‌هایش تحت فشار قرار دارد. گفته می‌شود که این کارگر هفت تپه در طول روز چند تماس تلفنی تهدیدآمیز دارد.
رئیس کمیسیون امنیت ملی مجلس کوشیده آسیب‌های وارده به اسماعیل بخشی را به درگیری او با ماموران در زمان دستگیری مرتبط کند اما این نماینده کارگران هفت تپه در روایت خود از دوران بازداشت نوشته است: «در روزهای اول بدون دلیل یا هیچ حرفی تا سر حد مرگ مرا شکنجه کردند و زیر مشت و لگد گرفتند که تا ۷۲ ساعت در سلولم از جایم نمی‌توانستم تکان بخورم و آنقدر زده بودند که حتی از تاب درد خوابیدن هم برایم زجرآور بود. و امروز پس از گذشت تقریبا دو ماه از آن روز سخت در دنده‌های شکسته‌ام، کلیه‌ها، گوش چپم و بیضه‌هایم احساس درد می‌کنم.»
با سخنان فلاحت پیشه و انکار وزارت اطلاعات، شاکی در جایگاه متهم قرار گرفته و صورت مسئله به روش معمول دستکاری شده است. بخشی می‌خواست با وزیر اطلاعات مناظره کند اما حتی امکان حضور در جلسه مجلس را هم نیافت. او در روایت‌اش نوشته بود که شکنجه‌گران خود را سربازان گمنام امام زمان می‌نامیدند.