آخوند علی رازینی، رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران در دورۀ جنگ ایران و عراق، برای اولین بار به فتوایی از سوی خمینی اشاره کرده که طی آن بنیانگذار حکومت اسلامی ایران از علی رازینی خواسته بود که افراد یا فرماندهان نظامی متخلف در جبهه های جنگ را که عمل شان، صرف نظر از اینکه عمد بوده باشد یا غیرعمد، “موجب شکست جبهۀ اسلام شده”، “بدون رعایت تشریفات” در “دادگاه ویژه تخلفات جنگ” محاکمه و اعدام کند.
به گزارش رادیو فرانسه، در این حکم رهبر سابق جمهوری اسلامی ایران خطاب به علی رازینی نوشته بود : “شما موظف می باشید : ۱-دادگاه ویژه تخلفات جنگ را در کلیه مناطق جنگی تشکیل [بدهید] و طبق موازین شرع بدون رعایت هیچ یک از مقررات دست و پا گیر به جرایم متخلفان رسیدگی نمایید. ۲- هر عملی که به تشخیص دادگاه موجب شکست جبهۀ اسلام و یا موجب خسارت جانی بوده و یا می باشد مجازات آن اعدام است. والسلام.”
علی رازینی گفته است که خمینی با صدور این دستور مجوز ایجاد دادگاه های صحرایی را در مناطق جنگی صادر کرد، هر چند عنوان آن را به “دادگاه تخلفات جنگ” تغییر داد.
علی رازینی می گوید که این دادگاه در سه منطقه جنگی جنوب، کرمانشاه و ارومیه تشکیل شد، و قاضی برای اجرای حکم به جبهه ها می رفت.
علی رازینی در جای دیگری از سخنانش افزوده است که با پایان جنگ هشت ساله با عراق، حکم خمینی دربارۀ تشکیل “دادگاه تخلفات جنگ” از “کارآیی افتاد”، اما، اندکی بعد با استفاده از آن بسیاری از اعضای سازمان مجاهدین خلق ایران که در جریان حملۀ موسوم به “فروغ جاویدان” به اسارت درآمدند، محاکمه و اعدام شدند.
علی رازینی افزوده است که محاکمۀ این افراد در همان مناطق جنگی که دستگیر می شدند صورت می گرفت و مجازات آنان نیز در همان محل به اجرا گذاشته می شد. علی رازینی از ذکر شمار این افراد خودداری کرده و فقط گفته است : “ما [آنها را] نشمردیم” ولی می توان گفت : “چند ده نفر بودند.” محاکمه اسرای سازمان مجاهدین خلق، به گفتۀ علی رازینی، “گاهی وقت ها ممکن بود یک ساعت یا کمتر طول بکشد.”
علی رازینی از اظهار نظر در مورد اعدام هزاران زندانی سیاسی از جمله زندانیان مجاهد در تابستان و پاییز سال ۶۷ که پس از عملیات “فروغ جاویدان” صورت گرفت، خودداری کرده و گفته است : “این موضوع [اعدام هزاران زندانی سیاسی در سال ۶٧] جزء مأموریت من نبود. باید از آیت الله رئیسی، رئیس فعلی قوۀ قضائیه، و آیت الله نیّری پرسید.” علی رازینی با این حال مدعی شده است که در آن سال برخی از اعضای سازمان مجاهدین “در زندان جرایم جدیدی مرتکب شده بودند [و به همین دلیل] مجدداً محاکمه شدند و با آنها برخورد شد” یا در واقع اعدام شدند.
به تازگی آخوند مصطفی پورمحمدی یکی از سه عضو گروه مسئول کشتار زندانیان سیاسی سال ۶۷ در توضیح دلایل این کار برای اولین بار مدعی شد که برخی از زندانیان نقشه کشیده بودند از زندان فرار کنند و به جماران بروند و پس از به قتل رساندن آیت الله خمینی رادیو و تلویزیون را اشغال کنند.