اوج این برخوردها مدت کوتاهی پس از سخنرانی آیت الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی بود که مطبوعات را به “پایگاه دشمن” خواند، شبانه ده‌ها نشریه توقیف شد. اقدامی که به «توقیف فله ای مطبوعات» مشهور شد.
به گزارش سازمان گزارشگران بدون مرز، بیش از ۲۵۰ روزنامه‌نگار با حکم سعید مرتضوی زندانی شدند. به جز این، تعداد زیادی از آنان نیز مورد تهدید قرار گرفتند یا احضار شدند.
سعید مرتضوی در دادگاه عباس عبدی در سال چهارم دی ماه ۱۳۸۱
ماشاالله شمس‌الواعظین، عمادالدین باقی، ابراهیم نبوی، لطیف صفری، مسعود بهنود، احمد زیدآبادی، اکبر گنجی،عیسی سحرخیز، حسین باستانی، وحید پوراستاد و سعید رضوی‌فقیه، محمد قوچانی تنها تعدادی از روزنامه‌نگارانی بودند که دستگیر شدند و بخشی از دوران بازداشتشان را در سلول‌های انفرادی سپری کردند.
به گفته برخی از روزنامه نگاران، سعید مرتضوی در جلسه بازجویی برخی از آنان حضور داشت و با تاثیر بر روند بازجویی‌ها، برخی از آنان را تهدید به بازداشت و فشار بر خانواده‌های آنان کرده بود.
اقدامات سعید مرتضوی در قبال رسانه‌ها تنها محدود به بازداشت و توقیف نبود. به گزارش انجمن دفاع از آزادی مطبوعات، در دوران ریاست او بر شعبه ۱۴۱۰ دادگاه عمومی و انقلاب تهران، مطالب دستوری و سانسور گسترده‌ای از سوی مرتضوی اعمال می‌شد.
پرونده نظرسنجی؛ عبدی، قاضیان و گرانپایه
پاییز سال ۸۱، فضای سیاسی کشور تحت تاثیر بازداشت و دادگاه عباس عبدی و حسینعلی قاضیان، مدیران موسسه پژوهشی آینده و بهروز گرانپایه، مدیر مرکز ملی پژوهش افکار عمومی قرار گرفت.
اتهام آنان جاسوسی، نگهداری اطلاعات محرمانه، تبلیغ علیه نظام، ارتباط با بیگانگان و فروش اطلاعات به خارجی‌ها و سعید مرتضوی قاضی این پرونده بود. عباس عبدی و حسین قاضیان در طول بازداشت، چند نامه درباره تخلف‌های او از اصول قضایی نوشتند. در یکی از نامه‌های آقای عبدی که مخفیانه به خارج از زندان منتقل کرد، آمده بود که مرتضوی در بعضی جلسات بازجویی‌اش جواب‌ها را کم و زیاد می‌کرد و حتی این فعال سیاسی را تهدید کرده بود که برای کوچکترین فرزندش نیز فکری شده است. عباس عبدی ۳۰ ماه بعد از زندانی شدن، با حکم دیوان‌عالی کشور تبرئه شد.
حسینعلی قاضیان نیز در نوشته‌های مشابهی اشاره کرده بود با فشار و تهدید چندین‌باره‌اش به اعدام با جرثقیل از او خواسته بود که علیه افراد و جریان‌های سیاسی اصلاح‌طلب اعتراف کند. او از سال ۸۱ تا ۸۴ سه سال در حبس بود. و در مجموع یک سال از این دوران را در سلول‌های انفرادی زندان اوین گذراند.
دردسر مرگ زهرا کاظمی برای دادستان تهران
سال ۸۲ با انتصاب مرتضوی به عنوان دادستان عمومی و انقلاب تهران، اختیارات او بیشتر و پایش به پرونده‌های امنیتی نیز باز شد.
پس از آن بود که شیوه برخورد او با رسانه‌ها به فعالان سیاسی، مدنی و اجتماعی دیگر نیز تسری یافت.
یکی از پرونده‌های پر سر و صدای دوران دادستانی او، مرگ زهرا کاظمی، عکاس خبرنگار ایرانی-کانادایی بود که چند روز پس از بازداشت بر اثر اصابت جسم سخت بر سرش درگذشت. مرگ او بازتاب داخلی و بین‌المللی گسترده‌ای یافت و دولت محمد خاتمی و مجلس ششم کمیته ویژه تشکیل دادند. به گفته اعضای این دو کمیته بر اساس شواهد و مدارک احتمال قوی داده می شد کسی که بر سر خانم کاظمی ضربه زده، سعید مرتضوی بود. اما مرتضوی این موضوع را به شدت رد کرد. به گفته محمد حسین خوشوقت، مدیر کل وقت مطبوعات و رسانه های خارجی، در گفت و گو با روزنامه سازندگی، قاضی مرتضوی با احضار و تهدیدش به تشکیل پرونده تحت عنوان «معاونت در جاسوسی»، او را مجبور می‌کند علت مرگ این عکاس دوتابعیتی را سکته مغزی اعلام کند.
پرونده وبلاگ نویسان
تابستان ۸۳ ابتدا تعدادی از عوامل فنی و خدمات‌دهندگان به سایت‌های امروز و رویداد، متعلق به سازمان مجاهدین انقلاب و جبهه مشارکت و به دنبال آن چندین نفر از روزنامه‌نگاران و وبلاگ‌نویسان همچون شهرام رفیع‌زاده، بابک غفوری‌آذر، حنیف مزروعی، روزبه میرابراهیمی، امید معماریان، جواد غلام تمیمی، فرشته قاضی و محبوبه عباسقلی‌زاده دستگیر و به مکانی نامشخص منتقل شدند.
بازداشت وبلاگ‌نویسان توسط نیروهای امنیتی همراه با اعمال خشونت خشونت‌های جسمی و روحی بود و فشارهای زیادی برای اعتراف‌های اجباری شکل گرفت. به گفته وبلاگ‌نویسان، بعد از آزادی، سعید مرتضوی تعدادی از این افراد را احضار و تهدید کرد اگر به افشاگری درباره آنچه در بازداشت بر آنها گذشته ادامه دهند، خود یا خانواده‌شان دچار مشکل خواهند شد.
روزبه امیر ابراهیمی و امید معماریان در شهادت نامه خود که در مرکز اسناد حقوق بشر منتشر شده، گفته‌اند آقای مرتضوی آنها را تهدید کرده ممکن است در خیابان تصادف کنند. همچنین شهرام رفیع‌زاده نیز در وبلاگش نوشت که دادستان وقت تهران به او هشدار داد که زندگی بچه‌های خود را به خطر انداخته است.
از بازداشت‌شدگان این گروه همگی به جز ۴ نفر تبرئه شدند. شهرام رفیع‌زاده، روزبه میرابراهیمی، امید معماریان و جواد غلام تمیمی با احکام قضایی روبرو شدند.آنها پیش از اجرای حکم ایران را ترک کردند.
از فعالان صنفی و دانشجویی تا نمایندگان مجلس
مرتضوی تا پایان دولت محمد خاتمی، برای گروهی از وکلا مانند عبدالفتاح سلطانی، محمدعلی دادخواه و محمد سیف‌زاده، فعالان دانشجویی مانند علی افشاری، عبدالله مومنی و مهدی شیرزاد و فعالان کارگری از جمله منصور اسانلو، رئیس سندیکای شرکت واحد اتوبوسرانی تهران تشکیل پرونده داد و احکام زندان صادر کرد.
همچنین تعداد زیادی از نمایندگان مجلس ششم همچون احمد بورقانی، فاطمه حقیقت‌جو و محسن آرمین را احضار کرد و حکم جلب فاطمه آجرلو و محمد دهقان، دو نماینده اصولگرای مجلس هفتم را به واسطه تلاششان در تحقیق و تفحص از قوه قضائیه صادر کرد. هر چند اصرار داشت که دلیل اقدامش ربطی به وظایف نمایندگی مجلس ندارد.
اعتراضات ۱۳۸۸
با آغاز دوران ریاست جمهوری محمود احمدی‌نژاد و تغییر سیاست‌های دولت او، نقش سعید مرتضوی تا حدودی کمرنگ شد. اما وقایع پس از انتخابات ریاست‌جمهوری خرداد ۸۸ نام او را دوباره بر سر زبان‌ها انداخت. امضای آقای مرتضوی پای کیفرخواست و بازداشت تعداد زیادی از معترضان به نتایج انتخابات بود.
کهریزک؛ ورقی که بازگشت
با این حال اقدام او در مورد بازداشت‌شدگان بازداشتگاه کهریزک که منجر به مرگ محمد کامرانی، محسن روح‌الامینی و امیر جوادی‌فر، سه تن از معترضان به نتایج انتخابات ۸۸ شد، ورق را برگرداند. مجلس هشتم برای این اتفاق کمیته ویژه تشکیل داد و شخص مرتضوی را مسئول این حادثه اعلام کرد. اما مرتضوی نقش خود را انکار کرد.
در این حین، صادق لاریجانی در شهریور ماه به ریاست قوه‌قضائیه منصوب شد و در اولین اقدام سعید مرتضوی را کنار گذاشت.
آیت‌الله خامنه‌ای نیز خواستار برخورد با عاملان کهریزک بدون پست و مقام شد. در نتیجه او به اتهام معاونت در قتل دادگاهی شد. پرونده‌اش ۸ سال با کش و قوس فراوان همراه بود و سرانجام دادگاه تجدیدنظر او را با شکایت خانواده قتل محسن روح‌الامینی به دو سال حبس محکوم کرد. سعید مرتضوی را در مخفیگاهش، ویلایی در مازندران بازداشت کردند. هر چند گزارش و تصویری از لحظه بازداشت او منتشر نشد.