ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی روز سه‌شنبه ۲۸ بهمن، ادعای وزیر اطلاعات ایران در مورد این‌که عامل اصلی تدارک سوءقصد به محسن فخری‌زاده نظامی بوده است را رد کرد.
محمود علوی، وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی، روز ۲۶ بهمن گفته بود عضو «اخراجی» نیروهای مسلح که در تدارک ترور محسن فخری‌زاده، چهره کلیدی برنامه هسته‌ای ایران، نقشی اساسی ایفا کرده بود پیش از اجرای عملیات از کشور «متواری» شده و هم‌اکنون «تحت تعقیب» است.
او افزوده بود: «فخری‌زاده جزو نیروهای مسلح بود و آن فردی هم که اولین تدارکات را برای ترور انجام داد جزو نیروهای مسلح بود. ما چون نمی‌توانستیم در حوزه نیروهای مسلح کار اطلاعاتی انجام دهیم از مسئولین مربوطه نفر خواستیم بیایند بنشینند و روی قضیه کار کنیم ولی قبل از این‌که نماینده‌ای معرفی شود این اتفاق [ترور] افتاد».
ستاد کل نیروهای مسلح ایران روز سه‌شنبه با انتشار اطلاعیه‌ای به این اظهارات واکنش نشان داد و اعلام کرد که «فرد مورد ادعای وزیر اطلاعات» در پرونده ترور فخری‌زاده «در سال ۹۳ در حال آموزش بوده و همان سال به دلیل مشکلات اخلاقی و اعتیاد اخراج شده است».
این اطلاعیه می‌افزاید: «عضویت فرد مورد ادعا قطعی نبوده و روال نیروهای مسلح این‌گونه است که ارزیابی‌های حین آموزش، یکی از عوامل اصلی قطعیت در عضویت بوده که نامبرده به دلیل وجود مشکل اخلاقی و اعتیاد به عضویت رسمی در نیامده و در حین آموزش اخراج شده است».
ستاد کل نیروهای مسلح می‌گوید «فرد مورد ادعای» وزیر اطلاعات، فاقد هویت نظامی است و «به همین دلیل جرم امنیتی وی همانند سایر آحاد جامعه در حیطه مأموریت و مسئولیت وزارت اطلاعات قرار می‌گیرد».
این اطلاعیه گفته که «انتظار می‌رفت وزیر اطلاعات در اظهارات رسانه‌ای خود، آن هم در پخش زنده، دقت بیشتری می‌کرد».
محسن فخری‌زاده مهابادی، رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع، روز هفتم آذر در آبسرد دماوند هدف سوءقصد قرار گرفت و کشته شد.
هفته‌نامه جوییش کرونیکل چاپ بریتانیا روز ۲۲ بهمن در گزارشی اختصاصی به نقل از آنچه «منابع اطلاعاتی» نامید نوشت یکی از دلایل موفقیت عملیات ترور محسن فخری‌زاده این بود که نهادهای اطلاعاتی و امنیتی ایران سخت مشغول رصد و زیر نظر داشتن مخالفان سیاسی بودند.
این هفته‌نامه افزوده بود که فخری‌زاده «با یک سلاح ویژه هزار کیلویی کشته شد که موساد، سازمان جاسوسی و اطلاعات خارجی اسرائیل، آن را به صورت قطعات مجزا به داخل ایران قاچاق کرده بود».
سخنان محمود علوی، وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی، در روزهای اخیر در زمینه‌ای دیگر، یعنی ساخت بمب اتمی توسط جمهوری اسلامی هم خبرساز شد.
او روز ۲۰ بهمن در گفت‌وگو با شبکه دوم تلویزیون دولتی ایران گفته بود رهبر جمهوری اسلامی درباره حرام بودن سلاح هسته‌ای فتوا داده ولی «اگر جمهوری اسلامی ایران را به آن سمت هل بدهند، دیگر تقصیر ایران نیست».
در واکنش به این سخنان، علی خضریان، نماینده تهران گفت که سخنان آقای علوی باعث «هزینه‌های سیاسی» برای نظام شده است.
خبرگزاری تسنیم نزدیک به سپاه پاسداران هم در گزارشی با «بسیار عجیب» خواندن سخنان وزیر اطلاعات، نوشته بود که حرف‌های آقای علوی «کاملاً مغایر با منافع ملی» است.
وب‌سایت مشرق‌نیوز، از رسانه‌های نزدیک به سپاه، نیز نوشت که پس از سخنان آقای علوی، «بسیاری از تحلیل‌گران خارجی» می‌توانند «نظام را متهم به یک دروغ‌گویی بزرگ» کنند.