«چنین وزیر آموزش و پرورشی نشان‌دهنده فاجعه مدیریتی در سرزمینی است که نالایق‌ترین افراد بر مناصب امور تکیه زده‌اند»
شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان درباره «وضعیت پرابهام» دانش‌آموزان بازداشت‌شده ابراز نگرانی کرد و ادعای وزیر آموزش و پرورش مبنی بر کم‌تعداد بودن دانش‌آموزان دستگیر‌شده را نادرست خواند.
در بیانیه شورای تشکل‌های صنفی فرهنگیان ایران که روز سه‌شنبه، ۱۹ مهر، منتشر شد، آمده است: «سال تحصیلی جدید با سرکوب و شلیک مستقیم گلوله به بسیاری از نوجوانان دانش‌آموز آغاز شد؛ اما این سیاست رعب، وحشت‌افکنی و رفتارهای ظالمانه دانش‌آموزان را به سرنوشت خود و دیگر همنوعانشان حساس‌تر و آگاه‌تر کرد و امروز، صحنه‌های باشکوه اعتراض‌های دانش‌آموزان به‌ویژه دانش‌آموزان دختر را در مدرسه و خیابان شاهدیم.»
معلمان ایران در ادامه این بیانیه، از کشته شدن دست‌کم ۲۸ دانش‌آموز در جریان اعتراض‌های اخیر ابراز تاسف کردند و با اظهار نگرانی از دستگیری گسترده دانش‌آموزان افزودند: «از وضعیت و محل نگهداری این دانش‌آموزان اطلاعی در دست نیست».
یوسف نوری، وزیر آموزش و پرورش جمهوری اسلامی، روز سه‌شنبه در گفت‌وگو با روزنامه شرق، دستگیری دانش‌آموزان را تایید کرد اما مدعی شد که تعداد آنان زیاد نیست و گفت که افراد بازداشت‌شده برای «اصلاح» به مراکز روانشناسی منتقل شده‌اند تا به «شخصیت ضداجتماعی» تبدیل نشوند و بعد از «اصلاح»، به مدرسه بازمی‌گردند.
کمتر از یک هفته پس از آنکه علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، مجوز رسمی خشونت علیه کودکان معترض را صادر کرد، نیروهای امنیتی به‌طور گسترده به مدارس دخترانه یورش بردند و شماری از دانش‌آموزان دختر را بازداشت کردند. برخی والدین هم در رسانه‌های اجتماعی از اخراج فرزندانشان به دلیل شرکت در تجمع‌های اعتراضی خبر دادند.
شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی فرهنگیان به این سخنان وزیر آموزش و پرورش نیز واکنش نشان داد و با «بی‌مسئولیت» و «بی‌کفایت» خواندن او، اعلام کرد: «چنین وزیری نشان از عمق فاجعه مدیریتی در سرزمینی است که ناشایسته‌ترین و نالایق‌ترین افراد بر مناصب امور تکیه زده‌اند.»
یوسف نوری در مصاحبه خود ادعا کرده بود که دانش‌آموزان در مدرسه دستگیر نشده‌اند اما شورای تشکل‌های صنفی فرهنگیان دست‌کم یک مورد را مستند کرده است که نشان می‌دهد ماموران با یک دستگاه خودرو ون سفید بدون پلاک، برای دستگیری دانش‌آموزان دختر به حیاط یک مدرسه وارد شده‌اند اما به دلیل واکنش به‌موقع دانش‌آموزان و والدین، نتوانسته‌اند کسی را دستگیر کنند. معلمان ایران می‌گویند: «این برخوردهای ضدانسانی نه تنها دانش‌آموزان را نمی‌ترساند، بلکه هر روز بر تعداد افراد معترض و ناراضی می‌افزاید.»
یوسف نوری در حالی ادعای کم بودن تعداد دانش‌آموزان بازداشت‌شده را مطرح می‌کند که پیش از او علی فدوی، جانشین فرمانده سپاه پاسداران، اذعان کرده بود میانگین سنی بازداشتی‌ها ۱۵ سال است. همچنین هاجر چنارانی، نماینده مجلس، نیز تایید کرد که بیشتر بازداشت‌شدگان در استان خراسان رضوی زیر ۱۸ سال سن دارند.
برخی روزنامه‌نگاران و وکلای دادگستری درباره وضعیت نگران‌کننده بازداشتی‌ها از جمله نوجوانان در سوله‌های بدون امکانات هشدار داده‌اند و می‌گویند نیروهای امنیتی نوجوانان را برای اخذ اعتراف‌های اجباری تحت‌فشار و شکنجه قرار داده‌اند؛ با این حال یوسف نوری ادعا کرد: «دانش‌آموز زندانی نداریم.»
سخنان وزیر آموزش و پرورش واکنش‌ها و اعتراض‌های زیادی در پی داشت. نازنین بنیادی، بازیگر ایرانی-بریتانیایی، از مقام‌های سازمان ملل متحد خواست درباره بازداشت کودکان در ایران کاری انجام دهند. محمدعلی طالبی، سینماگر حوزه کودک و نوجوان، نیز سخنان وزیر آموزش و پرورش را «دروغ» خواند.
حساب توییتری ۱۵۰۰ تصویر روز یکشنبه خبر داد که ماموران امنیتی به‌طورگسترده برای دستگیری دانش‌آموزان معترض به مدارس یورش برده‌اند. ویدیوهایی که در رسانه‌های اجتماعی منتشر شد، برخورد خشونت‌آمیز ماموران امنیتی با دانش‌آموزان را اثبات می‌کرد.
بر اساس اعلام شورای هماهنگی تشکل‌های صنفی معلمان، مدیران برخی مدارس با نیروهای امنیتی همکاری کرده و کودکان را تحویل داده‌اند. در برخی مدارس نیز امتناع از همکاری با نهادهای امنیتی به دستگیری مدیر مدرسه منجر شده است. مدیر یک هنرستان دخترانه در کرج پس از اینکه فیلم دوربین‌های مداربسته مدرسه را به ماموران تحویل نداد و آن‌ها را پاک کرد، مقابل چشم دانش‌آموزان بازداشت شد و تاکنون از سرنوشت او خبری در دست نیست.
صندوق کودکان سازمان ملل متحد (یونیسف) روز دوشنبه با انتشار بیانیه‌ای، درباره وضعیت کودکان در اعتراض‌های اخیر ایران ابراز نگرانی کرد و و از حکومت ایران خواست توسل به خشونت و زور علیه شهروندان و به‌ویژه کودکان را متوقف کند.