سازمان اوقاف مانند ستاد اجرایی فرمان امام و سازمان بسیج مستضعفین، زیر نظر علی خامنه‌ای است
امام‌زاده‌ها، زیارتگاه‌ها، موقوفات و رقبه‌ها از مکان‌های زیرمجموعه سازمان اوقاف و امور خیریه‌اند که همواره شائبه‌های زیادی درباره فعالیت اقتصادی آن‌ها وجود دارد، با این حال به شکل گسترده‌ای در نقاط مختلف ایران پراکنده‌اند. بررسی‌ها نشان می‌دهد که حدود هشت هزار امام‌زاده، ۲۰۹ هزار موقوفه و بالغ‌بر یک میلیون و ۳۹۰ هزار رقبه در سراسر ایران وجود دارد.
پایگاه داده‌های باز ایران با استناد به سالنامه آماری وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در سال ۱۴۰۰ در گزارشی از املاک و دارایی‌های سازمان اوقاف و امور خیریه در شهرهای ایران نوشت: «در کل کشور بیش از ۲۰۹ هزار موقوفه و یک میلیون و ۳۹۳هزار رقبه زیر نظر سازمان اوقاف و امور خیریه فعالیت می‌کنند.»
برمبنای این گزارش، اگر این آمار را به نسبت ۴۷۰ شهرستان ایران بر اساس آخرین تقسیمات کشوری تقسیم کنیم، به معنای آن است که در هر شهرستان «بهطور میانگین ۲۰ امام‌زاده و زیارتگاه، ۴۵۰ موقوفه و حدود ۳ هزار رقبه مشغول فعالیت اقتصادی، اجتماعی و مذهبی‌اند.»
موقوفه به اموالی گفته می‌شود که شخصیت حقوقی دارد، ولی برای مصرف معین وقف شده است. هر موقوفه می‌تواند ترکیبی از چند رقبه باشد. رقبه‌ها نیز به‌تنهایی قابل بهره‌برداری اقتصادی‌اند.
نکته قابل‌توجه این است که مقایسه آمار ۱۴۰۰ با آمار یک دهه پیش یعنی سال ۱۳۹۰، نشان می‌دهد که تعداد موقوفات در‌این‌بازه زمانی ۲۵ درصد و تعداد رقبه‌ها حدود ۳۰ درصد افزایش یافته‌اند.
برای درک بزرگی این عدد کافی است شمار رقبه‌ها را با واحدهای صنفی موجود در کشور مقایسه کرد. آمار وزارت صنعت، معدن و تجارت در سال ۱۴۰۰ از وجود حدود دو میلیون و ۳۳۴ هزار واحد صنفی در سراسر کشور حکایت دارد. مقایسه این رقم با تعداد رقبه‌ها بیانگر این است که بهطور متوسط در ازای هر ۷.۱ واحد صنفی یک رقبه در ایران مشغول فعالیت اقتصادی است.
نسبت توزیع موقوفات و رقبات در میان استان‌های کشور برابر نیست. آمارهای تفکیکی سازمان اوقاف نشان می‌دهد استان‌های خراسان رضوی، اصفهان و فارس به ترتیب بیشترین تعداد موقوفه و استان‌های مازندران، خراسان رضوی و فارس بیشترین تعداد رقبه را در سراسر کشور دارند.
اما موقوفات و رقبه‌ها تنها نهادهایی نیستند که زیر نظر سازمان اوقاف فعالیت می‌کنند. امام‌زاده‌ها و زیارتگاه‌ها نیز بخش دیگری از زیرمجموعه سازمان اوقاف و امور خیریه محسوب می‌شوند. شمار امام‌زادگان در ایران بر اساس آمار رسمی بالغ‌بر هشت هزار عدد است. به عبارتی در ایران به ازای هر شهرستان ۱۹ امام‌زاده و زیارتگاه تحت نظارت رسمی سازمان اوقاف فعالیت می‌کند.
بر این اساس، استان‌های فارس، مازندران و گیلان بیشترین تعداد امام‌زاده را در سراسر کشور دارند؛ به‌طوری‌که شمار امام‌زادگان استان فارس از هزار و ۵۳۰ عدد بیشتر است. در مازندران هزار و ۳۰۶ امام‌زاده وجود دارد و در گیلان هم شمار امام‌زادگان به ۷۰۸ عدد می‌رسد. کمترین تعداد امام‌زادگان نیز در استان‌های سیستان و بلوچستان، کردستان، هرمزگان و کرمانشاه ثبت شده است.
به گزارش پایگاه داده‌های باز ایران، «سازمان اوقاف که هیچ گزارش مستندی از میزان منابع مالی و هزینه‌های خود منتشر نمی‌کند، همواره در مظان اتهام فساد مالی، زمین‌خواری و سوءاستفاده از منابع عمومی قرار دارد».
این سازمان در چهارچوب اداری، زیرمجموعه وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی است، اما در اصل مانند ستاد اجرایی فرمان امام و سازمان بسیج مستضعفین، زیر نظر مستقیم علی خامنه‌ای است و رئیس آن را نیز رهبر جمهوری اسلامی منصوب می‌کند. این سازمان طی سال‌های پس از انقلاب بسیاری از املاک و دارایی‌های مردم را تحت عنوان «وقف» به سود حکومت مصادره کرد.
علی ربیعی، مدیر وقت روابط عمومی و امور بین‌الملل سازمان اوقاف، سال ۱۳۹۰، به صراحت گفته بود که یک‌سوم مساحت ایران وقف است. پیش‌تر غلامعلی جعفرزاده ایمن‌آبادی، نماینده سابق مجلس، گفته بود که سازمان اوقاف در راس «زمین‌خوارهای بزرگ در کشور قرار دارد».
او همچنین سازمان اوقاف و امور خیریه را به اینکه زمین‌های متعلق به منابع ملی را تصرف و سپس مجوز تغییر کاربری آن‌ها را صادر می‌کند متهم کرد.
طی سال‌های گذشته، به‌تناوب خبرهایی از سوءاستفاده‌های مالی در سازمان اوقاف منتشر شده است. روزنامه همشهری، سال ۱۳۹۹، در گزارشی از صدور سند وقف یک برش از کوه دماوند به نام سازمان اوقاف خبر داد. دست‌درازی این سازمان به جنگل‌های هیرکانی نیز سال‌ها خبرساز بود تا اینکه در نهایت تیرماه ۱۴۰۰، سازمان جنگل‌ها و منابع طبیعی خبر داد که بر اساس رای دیوان‌عالی کشور پنج هزار و ۱۰۳ هکتار از جنگل‌های هیرکانی در استان مازندران جزو اموال وقفی نیست و «متعلق به مردم است».
در ماه‌های اخیر نیز وگذاری خانه امینی‌های قزوین با رقمی ناچیز به عروس مهدی خاموشی، رئیس سازمان اوقاف، و نیز واگذاری موقوفه گوهرشاد به احمد علم‌الهدی، نماینده علی خامنه‌ای در مشهد، افشا شد.
اندکی پس از رسوایی واگذاری خانه تاریخی امینی‌ها به عروس رئیس سازمان اوقاف، حسین رجبی، دادستان قزوین، گفت: «در واگذاری حسینیه تاریخی امینی‌ها هیچ‌گونه تخلفی احراز نشده است».
امام‌جمعه مشهد هم در گفت‌وگو با روزنامه فرهیختگان به صراحت گفت که موقوفه گوهرشاد را به‌شرط «مادام‌العمر» بودن قبول کرده است. او از پاسخ به این سوال که درآمدهای موقوفه گوهرشاد چگونه و کجا هزینه می‌شوند، طفره رفت و گفت مسئول پاسخگویی به نخبگان جامعه نیست.