رئیس‌جمهور سابق ایران تأیید کرد که «آگاهانه و صادقانه» در انتخابات شرکت نکرده و «این بار تصمیم گرفته همراه و همنوا با خیل ناراضیان» باشد.
سیدمحمد خاتمی، در جمع مشاورانش دلیل این اقدام خود را چنین توضیح داده است: «این بار تصمیم گرفتم که اگر نمی‌توانم کاری برای مردم بکنم همراه و همنوا با خیل ناراضیانی باشم که در عمق وجودشان بر این باورند که اگر راه نجاتی باشد راه اصلاح امور است.»
به گزارش خاتمی‌مدیا، رئیس‌جمهور اسبق گفت: چند روز پیش از برگزاری انتخابات گفتم که همه از مردم سخن می‌گویند و افزودم فعلا وقتی می گوییم مردم مراد همان بالای پنجاه درصدی است که در دو انتخابات قبلی شرکت نکردند و نیز چند میلیون نفری که با رأی اعتراضی و باصطلاح باطله خود ناخشنودیشان را نشان دادند و در انتخابات آخری هم دیدیم که درصد کسانی که رأی ندادند و نیز آراء باطله از انتخابات قبلی بیشتر بود. این به آن معنا نیست که آنان که در انتخابات شرکت کردند مردم نیستند.
مردم همه اقشار و بخش های مختلف رنگین کمان دل انگیزی اند که ملت ایران نام دارد و مورد احترام عمیق من است. این بار تصمیم گرفتم که اگر نمی‌توانم کاری برای مردم بکنم همراه و همنوا با خیل ناراضیانی باشم که در عمق وجودشان بر این باورند که اگر راه نجاتی باشد راه اصلاح امور است.
آگاهانه و صادقانه رأی ندادم تا به هیچکس دروغ نگفته باشم. بدون اینکه با انتخابات معنا دار به عنوان منشأ تقویت قدرت و حاکمیت ملت و امنیت ملی و ترمیم اعتماد همگانی، مخالف باشم و بدون اینکه با رأی دادن مردم مخالفت کنم، رأی ندادن را در شرایط نامطلوب کنونی وجه دیگری از رأی دادن در وضعیت حتی نسبتاً مطلوب انتخابات می‌دانم. به این امید که با رأی ندادن در این شرایط اعتماد آسیب دیده مردم از حکومت و جریانهای سیاسی از جمله اصلاح‌طلبی (که دامنه‌اش گسترده تر از دائره اصلاح‌طلبان رسمی است) تا حدی ترمیم شود.
نیاز حیاتی امروز کشور بازگرداندن سرمایه اجتماعی و حرکت به سوی نوعی مصالحه میان حاکمیت و مردم برای نجات کشور از تهدیدها و بحران ها است.
رأی ندادن آقای خاتمی را که امری بی‌سابقه بود، پیشتر رئیس دفتر پیشین او یک روز پس از برگزاری انتخابات تأیید کرده بود. انتشار خبر خودداری او از شرکت در انتخابات با واکنش‌های مثبت و منفی کاربران شبکه‌های اجتماعی مواجه شد.