هادی غفاری، آخوند کلت به دست در صدر انقلاب که اکنون ریاست مؤسسه الهادی را به عهده دارد، در گفت‌وگو با خبرگزاری جمهوری اسلامی ایران گفته است که قاتل امیر عباس هویدا، نخست‌وزیر دوران پهلوی دوم او نبوده. غفاری می‌گوید جز خدا و خلخالی کسی نمی‌داند قاتل معمم هویدا کیست.
امیر عباس هویدا در دادگاه انقلاب به ریاست صادق خلخالی در صدر انقلاب
رادیو زمانه:
در جلسه دوم محاکمه امیر عباس هویدا، بعد از خواندن رأی توسط خلخالی، هنگامی که هویدا و مأموران در حال خروج به سمت حیاط بودند، یکی از همراهان هویدا که به احتمال زیاد آخوند بود، با استفاده از کلت کمری، دو گلوله به او شلیک کرد و او را کشت. عباس میلانی، نویسنده و پژوهشگر تاریخ در دانشنامه ایرانیکا، و در کتاب معمای هویدا به این صحنه اشاره کرده است. ابراهیم یزدی هم این حادثه را تأیید کرده.
هادی غفاری در گفت‌وگویی که خبرگزاری جمهوری اسلامی با او انجام داده قتل هویدا را تکذیب کرده و گفته است:
« من هیچ نقشی در این پرونده نداشتم، هرکس این حرف را می‌گوید او را به روز قیامت حواله می‌دهم. جرمم فقط این بود که در دادگاه علنی ۱۰ دقیقه به عنوان تماشاچی حضور داشتم. تا به دادگاه رسیدم یکی از آقایان دادگاه بلند شد و من را در صف اول دادگاه جای داد و نزدیک هویدا نشاند. بعد که تقریباً دادگاه داشت تمام می‌شود و متهم را بیرون بردند، بلند شدم رفتم، این همه ماجرا بود. اما اینکه قاتل هویدا کیست، قاتل کسی است که حکم را می‌دهد و حکم را جناب آقای خلخالی دادند. من نه می‌خواهم دفاع و نه خدشه‌ای وارد کنم.»
عباس میلانی در کتاب معمای هویدا می‌نویسد:
«به محض آنکه پای هویدا به حیاط رسید، یکی از کسانی که در پشت سرش می‌آمد هفت تیری به دست گرفت و گلوی هویدا را نشانه رفت و دو تیر خالی کرد. هویدا به زمین افتاد و خون از رگ گردنش فواره می‌زد. هویدا که می‌دانست زخمی مهلک برداشته به شخصی به نام “کریمی” که در صف همراهان خلخالی بود رو کرد و به تمنا خواست که جانش را بستاند. کریمی هم، ظاهراً از سر لطف، هفت تیر را به دست گرفت و تیر خلاصی بر جمجمه هویدا زد.»
هادی غفاری در گفت‌وگو با ایرنا می‌گوید او تنها آخوند حاضر در جلسه دادگاه هویدا نبوده و جز او ۸ الی ۹ آخوند دیگر هم حضور داشته‌اند. غفاری برای مثال از نصرالله شاه‌آبادی، از مجتهدان طرفدار خمینی نام می‌برد که در دادگاه خلخالی کنار دیوار نشسته بوده. غفاری می‌گوید:
«غیر از من، ۸ یا ۹ روحانی در دادگاه حضور داشتند. اسمی نمی‌برم که کسی را متهم نکرده باشم. به عکس‌ها نگاه کنید مرحوم آیت‌الله شاه‌آبادی کنار دیوار نشسته‌اند و چند روحانی دیگر در دادگاه حضور دارند، من کسی را متهم به انجام این کار نمی‌کنم.»
ابراهیم یزدی ماجرای اعدام هویدا را به این شکل روایت کرده است:
« پس از این که جلسه دادگاه تنفس داده می‌شود و هویدا به راهرو می‌آید، یکی از آقایان روحانی که آنجا بوده و من مایل نیستم اسم ببرم، در راهرو با هفت‌تیر کمری خود هویدا را می‌کشد و زمانی به خلخالی خبر می‌دهند که کار از کار گذشته بوده است. هویدا را می‌برند رو ی صندلی می‌نشانند و عکس می‌گیرند و حکم اعدامش را قرائت می‌کنند و سپس او را اعدام می‌کنند. ولی در واقع او را قبل از اعدام کشته بودند.»
هادی غفاری روایت ابراهیم یزدی را تأیید می‌کند و تلویحاً خلخالی را قاتل هویدا جلوه می‌دهد:
«با ابراهیم یزدی صحبت کرده‌ام و او را فردی راستگویی می‌دانم. او اسمی از بنده نبرده است. آقای خلخالی و هویدا هر دو با هم از جلسه دادگاه بیرون رفتند و دیگر کسی چیزی ندید. هرکس در این مورد سخنی بگوید دروغ گفته است. (این موضوع را) فقط خدا می‌داند و خلخالی و هویدا.»
غفاری در این گفت‌وگو ادعا می‌کند که جنازه نخست‌وزیر اعدامی ایران به درخواست خواهر هویدا و با اجازه آیت‌الله خمینی در عکا دفن شده است:
«خانمی که ظاهراً خواهر هویدا بود به خلخالی زنگ زد و گفت: می‌خواهیم جنازه را ببریم. خلخالی با حاج احمد آقا (خمینی) در این باره تماس گرفت و حاج احمد آقا هم از امام پرسیدند، ظاهرا امام فرموده بودند هر کجا خواستند ببرند. آن طور که شنیده‌ام جنازه هویدا را به پزشکی قانونی بردند و بدنش را “مومیایی” و سپس به ترکیه منتقل کردند و از آنجا هم به محلی به نام “حظیره القدس” عکا که آرامگاه بهائیان است، بردند.»
امیر عباس هویدا تنها مقام بلندپایه دوران پهلوی دوم بود که داوطلبانه از طریق داریوش فروهر خود را تسلیم دولت موقت مهدی بازرگان کرد.