میلیون‌ها مهاجر افغانستانی به صورت قانونی و غیرقانونی طی سه سال گذشته به ایران وارد شده و حتی مهاجرانی که به صورت قانوین وارد شده‌اند نیز از سوی جمهوری اسلامی ساماندهی نشدند.
رها کردن میلیون‌ها مهاجر سبب بروز مشکلاتی در حوزه‌های اقتصادی و اجتماعی شده است. مهاجران در برخی شهرها تعادل بازار کار را به هم ریخته و از آنجا که حاضرند بدون بیمه و مزایای شغلی و با دستمزدهایی کمتر از نیروی کار ایرانی؛ شاغل باشند در برخی مناطق سبب به موجی از بیکاری به ویژه در مشاغل کارگری برای نیروی کار ایرانی شده‌اند.
همچنین در بازار مسکن نیز در برخی محله‌ها مهاجران حاضر به پرداخت هزینه‌های بالاتری برای اجاره‌های واحدهای مسکونی هستند چون چند خانوار بطور همزمان و مشترک در یک خانه ساکن شده و مجموعا اجاره را پرداخت می‌کنند. این روند سبب بالا رفتن سطح اجاره‌بهای مسکن در برخی محله‌ها شده است.
تشدید ناامنی و بزهکاری‌ها از جمله آزار زنان و کودکان، دزدی و زورگیری از سوی برخی مهاجران نیز مورد انتقاد شهروندان قرار دارد. برخی کارشناسان نیز به پیامدهای امنیتی ورود نیروهای تروریست به کشور در ظاهر مهاجر هشدار داده‌اند.
در پی بروز مشکلات مختلف و اعتراضات مردم به حضور بی‌ضابطه و ساماندهی‌نشده‌ی مهاجران، مقامات جمهوری اسلامی ساز و کاری قهری را درباره مهاجران در دست اجرا داشته و با خشونت به بازداشت و ردمرز مهاجران غیرقانونی مشغول هستند.
این اقدام که به نوعی پاک کردن صورت مسئله به شمار می‌رود در حالی اجرا می‌شوند که مقامات جمهوری اسلامی حتی ارزیابی دقیق و واقعی از شمار مهاجران افغانستانی ساکن ایران ندارند!
ابوالفضل ابوترابی عضو کمیسیون شوراها در مجلس شورای اسلامی از افزایش اتباع خارجی به ویژه افغان‌ها پس از باز شدن مرزها در دولت سیزدهم و نبود ساماندهی انتقاد کرده و گفته «وزارت کشور می‌گوید حدود ۶ میلیون اتباع داخل کشور داریم اما من می‌گویم ۸ میلیون.»
ابوالفضل ابوترابی گفته «حدود ۷ تا ۸ میلیون تبعه در کشور حضور دارند» در حالیکه آمار رسمی ۶/۱ میلیون نفر را اعلام کرده است. البته برخی دیگر از مقامات شماری تا حدود ۱۰ میلیون نفر را نیز عنوان کرده‌اند.
ابوالفضل ابوترابی در توضیحاتی که امروز پنجشنبه چهارم اردیبهشت و پس از حضور اسکندر مومنی وزیر کشور در نشست با کمیسیون امنیت ملی مجلس شورای اسلامی ارائه کرد گفت: «اتباع سالانه حدود ۸۰ هزار میلیارد تومان یارانه نان مصرف می‌کنند و در ۳۷ شغل اساسی از جمله مرغداری و گاوداری نقش کلیدی دارند.»
طرح پیشنهادی این نماینده مجلس شورای اسلامی برای ساماندهی مهاجران افغانستانی شامل ثبت نیاز کارفرمایان در سامانه‌ای است که ابتدا به ایرانی‌ها اولویت می‌دهد و در صورت نبود متقاضی ایرانی، اتباع می‌توانند جذب شوند. در این طرح، اتباع باید چهره‌نگاری و انگشت‌نگاری شوند، بیمه و مالیات پرداخت کنند و سکونت آنها در محلات کنترل شود.
ابوالفضل ابوترابی هشدار داد که در برخی مشاغل ساده، اتباع در حال جایگزینی با ایرانی‌ها هستند و این مسئله می‌تواند موجب نارضایتی اجتماعی شود. او گفت طرحی برای ساماندهی اتباع هنوز به تصویب نرسیده است.
اسکندر مومنی وزیر کشور دولت پزشکیان نیز امروز پس از نشست مشترک با کمیسیون امنیت ملّی مجلس شورای اسلامی گفتهمحور این نشست درباره مهاجران افغانستانی بوده است. او گفته «موضوعاتی مثل اتباع خارجی امنیت مرزها انسداد مرز، سیاست کلان جمهوری اسلامی ایران در مورد افغانستان مطرح شد.»
وزیر کشور افزوده «یکی از موضوعات دیگری که طرح شد لایحه سازمان ملی مهاجرت بود که از دولت به مجلس محترم شورای اسلامی ارسال شد و توافق شد که انشالله تصویب شود و یکپارچگی مدیریتی در این لایحه مد نظر قرار گیرد که متولی اصلی مشخص شود هم آن مدیریت لازم را بتواند اعمال کند.»
مشکلات ناشی از ورود کنترل نشده مهاجران افغانستانی به ایران حتی از سوی برخی مقامات و رسانه‌های حکومتی نیز مورد هشدار قرار گرفته است. در همین رابطه هفته گذشته روزنامه «جمهوری اسلامی» در مطلبی نوشت: «مهمتر اینکه با توجه به تهدیدهای شدید امنیتی که کشورمان از ناحیه عده‌ای از اتباع افغانی مواجه است این چه سیاست خطرآفرینی است که روزانه چندین هزار ویزای ورود به ایران به این اتباع داده شود؟»
این مطلب یادآوری کرده که «چند سال است که رسانه‌ها، جامعه‌شناسان، فعالان سیاسی، خانواده‌هائی که به شکل‌های مختلف خطر حضور اتباع افغانستانی و اقدامات آنها را با تمام وجود خود لمس کرده‌اند با فریاد بلند از مسئولین دولتی می‌خواهند اقدامی جدی برای اخراج آنان به عمل آورند ولی متأسفانه به این فریاد بلند کمترین توجهی نمی‌شود.»
روزنامه «جمهوری اسلامی» نوشت «مردم بسیاری از شهرها با راه‌پیمائی‌های اعتراضی خواستار اخراج اتباع می‌شوند و خطر ادامه حضور آنان را هر روز گوشزد می‌کنند ولی گوش دولتمردان ما نه‌تنها بدهکار نیست بلکه ورود اتباع همچنان ادامه دارد!»
این روزنامه با اشاره به دستور اخیر سرکنسول جمهوری اسلامی در هرات برای صدور هر چه بیشتر برای اتباع افغانستانی نوشته «سؤال اساسی اینست که مقامات دستوردهنده برای صدور اینهمه ویزا و فراهم ساختن تسهیلات برای افغانی‌ها جهت ورود به ایران چه کسانی هستند؟ این مقامات، بر اساس کدام سیاست چنین دستوری را صادر کرده‌اند؟»
در ادامه آمده «در شرایطی مردم ایران با کمبودهای شدید آب، برق، گاز و بعضی دیگر از مایحتاج زندگی مواجهند چه کسی به خود اجازه داده چنین سیاست خائنانه‌ای را در دستور کار قرار دهد و به این کمبودها دامن بزند؟ مهمتر اینکه با توجه به تهدیدهای شدید امنیتی که کشورمان از ناحیه عده‌ای از اتباع افغانی مواجه است این چه سیاست خطرآفرینی است که روزانه چندین هزار ویزای ورود به ایران به این اتباع داده شود؟ مگر مسئولین ما نمی‌دانند حداکثر میزان مجاز اتباع بیگانه در هر کشور طبق استاندارد سازمان ملل فقط ۳ درصد است؟ چرا اجازه داده شده میزان اتباع افغانی در ایران بالای ۱۲ درصد یعنی چهار برابر حد مجاز باشد آنهم با اینهمه خطر و تهدید؟»