علیرضا اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه کشور و عضو شورای نگهبان با صدور بیانیه‌ای نسبت به درگیری‌ها میان دو کشور آذربایجان و ارمنستان واکنش نشان داد. این مقام مذهبی در ایران تاکید کرد که «براساس قوانین و حقوق بین الملل منطقه قره باغ متعلق به کشور آذربایجان و پاره تن اسلام است و از این سرزمین جدا ناپذیر است».
در این بیانیه آمده است که «براساس قوانین و حقوق بین الملل منطقه قره باغ متعلق به کشور آذربایجان و پاره تن اسلام است و از این سرزمین جدا ناپذیر است.»
هم‌چنین در بخش دیگری از این بیانیه آمده است که «متاسفانه برخی از کشورها با ایجاد موج ایران هراسی و شیعه هراسی به دنبال اهداف شوم و تفرقه بر انداز خود هستند و با ایجاد بدبینی نسبت به مردم و کشور جمهوری اسلامی ایران و دامن زدن به شایعات بی اساس به دنبال اختلاف و تفرقه بین دو ملت ایران و آذربایجان و ناامن کردن منطقه هستند».
بنا به ادعای این مقام مذهبی مملکت تفرقه‌افکنان می‌خواهند « از آب گل آلود ماهی صید کنند و زمینه حضور و نفوذ نیروهای مزدور و تکفیری و قدرت‌های استکباری و صهیونیست‌ها را در این مناطق فراهم آورند و در سایه جنگ و اختلاف در این منطقه به اهداف نامشروع خود برسند».
پیش‌تر ائمه جمعه استان‌های آذربایجان‌غربی، آذربایجان‌شرقی، اردبیل و زنجان در ارومیه در خصوص موضوع اقدام کشورهای آذربایجان و ارمنستان بر سر موضوع قره‌باغ بحث و بررسی کردند و در نهایت با صدور بیانیه‌ای تاکید کردند که «هیچ تردیدی در تعلق قره‌باغ به آذربایجان و اشغال آن و لزوم بازگشت این اراضی به آذربایجان، کشور اهل‌بیت نیست و دولت آذربایجان در بازپس‌گیری این اراضی کاملاً قانونی و شرعی عمل کرده و با این اقدام درصدد اجرای چهار قطع‌نامه شورای امنیت سازمان ملل برآمده است.»