چهار اسفند ماه ۱۳۸۹ شش اتهام جدید در دو پرونده به نرگس محمدی تفهیم شد. متعاقب آن ۱۶ اردیبهشت بازپرس شعبه دو دادسرای زنجان جهت اخذ آخرین دفاع از وی به بند زنان زندان زنجان مراجعه نمود. بازپرس اعلام نمود که هر دوپرونده متعلق به تهران بوده و نیابت اخذ آخرین دفاع به دادسرای زنجان محول شده است. خروج نرگس محمدی از بند زنان زندان زنجان حتی با حضور نیروهای امنیتی و تحت الحفظ ممنوع است، به گونه ای که تشریفات قضائی و اداری که می بایست در شعبات دادسرا صورت بگیرد با اعزام بازپرس و عوامل قضائی به بند زنان و در داخل زندان انجام می گیرد.
نرگس محمدی ضمن خودداری از هرگونه دفاعیه در هر دو پرونده به طور کتبی به بازپرس زنجان و دادستان تهران اعلام نمود در هیچ دادگاهی جهت دفاع حاضر نخواهد شد و این اتهامات را بی اساس و کذب می داند و آنها را نقض صریح قانون اساسی و اعلامیه جهانی حقوق بشر و همچنین نقض حقوق انسانی خود دانسته و قابل پیگرد می داند.
نرگس با بیان اینکه تاکنون در سه شعبه تجدیدنظر دادگاه انقلاب اسلامی به ۲۳ سال حبس محکوم شده ام و اکنون با پایان یافتن مراحل رسیدگی در دادسرا در دو پرونده اخیرم وارد مرحله رسیدگی شده ام، اعلام می کنم که در دادگاه های فرمایشی و نمایشی قوه قضائیه حاضر نخواهم شد و تک تک فعالیت هایم در داخل زندان اوین، برگزاری جلسات و موضع گیری ها و بیانیه هایم را که طی سال های گذشته از زندان داشته ام، قبول دارم و هزینه آن را در این تبعیدگاه و در شرایط غیرانسانی که بر من تحمیل شده خواهم پرداخت و اقدام وزارت اطلاعات آقای روحانی و ریاست زندان اوین و سازمان زندان ها را مغرضانه، خلاف قانون و اخلاق انسانی می دانم و در مقابل آن سکوت نخواهم کرد.
نرگس محمدی ، که از ۱۵ اردیبهشت ۹۴ در زندان به سر میبرد، برای سه اتهام به ۱۶ سال زندان محکوم شده است. ۵ سال برای اجتماع و تبانی علیه نظام، یک سال برای تبلیغ علیه نظام، و ۱۰ سال برای تاسیس و همکاری با انجمن لگام (لغو مجازات اعدام) که در مورد او مجازات اشد یعنی ۱۰ سال قابل اجرا است. در پی تحصن اعتراضی خانم محمدی در زندان اوین به دلیل همراهی با اعتراضات سراسری آبان ۹۸، او از دیماه به زندان زنجان منتقل شده است.
لازم به ذکر است که خانم محمدی در سال ۱۳۸۹ نیز دستگیر و به اتهامات «جتماع و تبانی علیه نظام»، «تبلیغ علیه نظام» و همچنین «همکاری در تاسیس کانون مدافعان حقوق بشر» به ۷ سال حبس محکوم شده بود.