در دوران انقلاب نیروهای چپ و سازمان‌هابی که در فکر تغییر نظام بودند، چون نمی‌توانستند قشرهای مختلف را دور خود جمع کنند مجبور شدند به بخشی از روحانیون متوسل شوند.
برخی از مراجع چون آیات عظام خوئی و خوانساری یا برخی از روحانیون جوان مثل طباطبائی با اصل انقلاب و تغییر نظام پیشین مخالف بودند.
زمانی که متولیان دین وارد حکومت بشوند خواه ناخواه آلوده به فساد می‌شوند و این امر به دین لطمه می‌زند.
در بین طلاب جوان افکار سکولاریست و نظریه عدم حضور مذهب در سیاست رو به رشد است و این امر نگرانی روحانیت حکومتی را برانگیخته است.