دخالت در انتخاب کابینه، سنت هر دو رهبر جمهوری اسلامی بوده اما در دوره رهبری آیت‌الله «علی خامنه‌ای»، این رویه تثبیت شده است. در آخرین مورد، «محمدباقر قالیباف»، رییس مجلس شورای اسلامی تلاش کرد این موضوع را به «قانون اساسی» ربط دهد؛ ادعایی که سال ۱۳۹۶ نیز در اطلاعیه دفتر رهبر جمهوری اسلامی مطرح شده بود. 
رییس مجلس شورای اسلامی گفته است دخالت رهبر جمهوری اسلامی در انتخاب وزرا، به دلیل بندهای چهار، پنج و ۱۱۰ قانون اساسی انجام می‌شود. با وجود این ادعای محمدباقر قالیباف، حتی در تفاسیر شورای نگهبان از این بندهای قانون اساسی، اشاره‌ای به انتخاب وزرا نشده است.
او اعلام کرده که مسوولیت حوزه‌های دفاع، امنیت داخلی و خارجی و سیاست خارجی بر عهده رهبر جمهوری اسلامی است و به همین دلیل، انتخاب وزرای این حوزه نیز با نظر او انجام می‌شود.
در دوره‌های گذشته اما علی خامنه‌ای علاوه بر انتخاب این وزرا، در انتخاب وزرای فرهنگ و اقتصاد و گاهی در انتخاب کل کابینه نیز دخالت کرده است.
در دوره رهبری «روح‌الله خمینی» نیز دخالت‌های او در انتخاب وزرا و حتی رای مجلس به آن‌ها جنجال برانگیز شده بود. در این میان، به جز نظر رهبر جمهوری اسلامی برای انتخاب وزرا، بین رییس جمهوری و نخست وزیر وقت نیز در این باره درگیری وجود داشت.
یکی از موارد، مربوط به رای اعتماد مجلس به «علی‌اکبر محتشمی‌پور»، وزیر پیشنهادی کشور در سال ۱۳۶۷ بود. او از شاگردان آیت‌الله خمینی در نجف و از چهره‌های جریان چپ بود که جانشین «علی‌اکبر ناطق نوری»، یکی از چهره‌های جریان راست می‌شد.
آیت‌الله خمینی از مجلس خواسته بود که به محتشمی‌پور رای دهند اما مانند ماجرای ۹۹ نفر که به «میرحسین موسوی» رای نداده بودند، در این مورد نیز تعدادی از نمایندگان به دستور شفاهی رهبر وقت تبعیت نکردند.
پس از آن، فضایی علیه نمایندگانی که رای نداده بودند، ایجاد شد و در آن میان، علی‌اکبر ناطق نوری در نامه‌ای از آیت‌الله خمینی پرسید: «کسانی که رای ندادند، خدای ناکرده خلاف فرمان حضرت‌عالی که قهراً خلاف شرع هم هست، عمل نمودند یا خیر؟»
آیت‌الله خمینی نیز پاسخ داده بود: «جز در مواردی نادر که اسلام و حیثیت نظام در خطر باشد، آن هم با تشخیص موضوع از طرف کارشناسان دانا، هیچ کس نمی‌‌تواند رای خود را بر دیگری تحمیل کند.»
او در عین حال خطاب به ناطق نوری نوشته بود: «برای من، شما و آقای محتشمی فرقی ندارد.»
«علی‌اکبر ولایتی»، وزیر وقت امور خارجه در دولت میرحسین موسوی نیز چندین بار گفته بود آیت‌الله خمینی از مجلس می‌خواست به او رای دهند.
در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای، هماهنگی روسای جمهوری با رهبر جمهوری اسلامی درباره برخی وزرا، به‌ویژه چند وزیر خاص، شکلی روشن‌تر به خود گرفت. «اکبر هاشمی رفسنجانی» در برخی مصاحبه‌ها گفته بود که کل کابینه خود را با خامنه‌ای هماهنگ می‌کرده است. او در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۴ نیز گفت در صورت انتخاب، کابینه خود را با هماهنگی رهبر جمهوری اسلامی انتخاب خواهد کرد.
با پیروزی «محمد خاتمی»، موضوع انتخاب وزرا با نظر خامنه‌ای علنی‌تر شد. از جمله بارها گفته شد که «قربانعلی دری نجف آبادی» گزینه شانزدهم یا بیست و چندم محمد خاتمی برای وزارت اطلاعات بوده است.
هاشمی رفسنجانی نیز در خاطرات سال ۱۳۷۶ خود چندین بار از ناکام ماندن مذاکرات خاتمی با خامنه‌ای درباره وزارت اطلاعات سخن گفته و یک بار نیز به نقل از «علی هاشمی»، برادرزاده خود نوشته بود که رهبر جمهوری اسلامی به رییس جمهوری گفته است از میان ری‌شهری، «ابراهیم رییسی»، «علی یونسی» و «علی رازینی»، یکی را برگزیند اما خاتمی با این روش مشکل دارد.»
بر اساس خاطرات هاشمی، رهبر جمهوری اسلامی با ابقای «رضا امراللهی»، رییس سازمان انرژی اتمی و انتصاب «مرتضی الویری» به ریاست سازمان برنامه و بودجه نیز مخالفت کرده بود.
در این میان گفته شد که برخی وزرا نیز توسط خود خامنه‌ای به خاتمی پیشنهاد شده بودند؛ از جمله «عطاالله مهاجرانی»، وزیر فرهنگ و ارشاد که سال‌ها بعد در وبلاگ خود نوشت محمد خاتمی قصد داشت «عبدالواحد موسوی لاری» را به عنوان وزیر ارشاد معرفی کند اما خامنه‌ای مهاجرانی را به او پیشنهاد کرده بود.
در دولت اول روحانی نیز اعلام شد که خامنه‌ای با انتصاب «علی یونسی» برای وزارت اطلاعات، «احمد مسجدجامعی» برای وزارت ارشاد، «جعفر توفیقی» برای وزارت علوم و «حسین علایی» برای وزارت دفاع مخالفت کرده است. پس از آن، خود حسین علایی نیز اعلام کرد که خامنه‌ای با انتخاب او به وزارت دفاع مخالفت کرده است.
«علی مطهری»، نماینده مجلس هم مخالفت رهبر جمهوری اسلامی با معرفی توفیقی را تایید کرد.
در دولت دوم حسن روحانی، دخالت رهبر جمهوری اسلامی در انتخاب وزرا به شکل صریح‌تری مطرح شد. دفتر رهبر جمهوری اسلامی نیز اعلام کرد: «رویه ثابت در همه دولت‌ها، هماهنگی با رهبری در انتخاب وزیران دفاع، امور خارجه و اطلاعات بوده است و این هم حسب تکالیفی است که در قانون اساسی برای رهبری در امور سیاست خارجی و دفاعی ــ امنیتی تعیین شده است.»
در این اطلاعیه اعلام شده بود که رهبر جمهوری اسلامی درباره وزارت‌خانه‌هایی چون علوم، آموزش‌وپرورش و ارشاد اسلامی حساسیت‌هایی دارد اما در انتخاب مسوولان این وزارت‌خانه‌ها ورود نمی‌کند و درباره اکثریت کابینه نیز نظری نمی‌دهد: «لکن همواره تاکید دارند که وزیران، افرادی کاری و به‌دور از حاشیه باشند.»
در این اطلاعیه اشاره‌ای به وزارت کشور نشده بود اما شواهد دیگر حکایت از دخالت صریح او در انتخاب این وزیر داشتند؛ از جمله «محمود احمدی‌نژاد» در جلسه رای اعتماد به «علی کردان»، مذاکرات خود با رهبر جمهوری اسلامی درباره انتخاب او را مطرح کرد.
در جلسات رای اعتماد به کابینه «ابراهیم رئیسی»، بار دیگر موضوع دخالت رهبر جمهوری اسلامی در انتخاب کابینه به شکل دیگری مطرح شده است. برخی از موافقان «اسماعیل خطیب»، وزیر پیشنهادی اطلاعات، موافقت رهبر جمهوری اسلامی با انتخاب او را دلیل حمایتش از وی دانسته‌اند. در مقابل، برخی از مخالفان گفته‌اند همه وزرای اطلاعات با نظر رهبری انتخاب شده‌اند و این نظر تنها شرط لازم محسوب می‌شود و نه شرط کافی و باید خود نمایندگان درباره رای اعتماد به او تصمیم بگیرند.
ابراهیم رئیسی در جلسه معرفی وزرا درباره «حجت‌الله عبدالملکی»، وزیر پیشنهادی تعاون، کار و رفاه اجتماعی گفت که او عضو هیات امنای «کمیته امداد امام» است: «یعنی امین رهبری است.»
این سخنان رئیسی، انتقادهایی را به دنبال داشتند و به معنای تلاش او برای رای آوردن عبدالمکی تعبیر شدند.
ایران‌وایر:احسان مهرابی