این حمله در تاریخ هفتم بهمن ۱۴۰۱ روی داد. فرد مهاجم با اسلحه کلاشنیکف به ساختمان سفارت وارد شد، نگهبان را به قتل رساند و دو نفر دیگر را زخمی کرد. این رویداد تنشهای دیپلماتیک شدیدی را میان تهران و باکو به دنبال داشت.
در واکنش، جمهوری آذربایجان در اقدامی فوری سفارت خود را شبانه تخلیه و دیپلماتهایش را از ایران خارج کرد. ولی سرکنسولگری این کشور در تبریز به فعالیت خود ادامه داد.
مقامات جمهوری اسلامی انگیزه مهاجم را «شخصی» اعلام کرده و تأکید کردند که این اقدام ناشی از مسائل خانوادگی بوده است. با این حال، دولت جمهوری آذربایجان این حمله را «تروریستی» و «سازمانیافته» دانست و خواستار شناسایی و مجازات تمامی عاملان و آمران آن شد.
در همین ارتباط سندی از وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در خرداد ۱۴۰۲ فاش شد که نشان میداد مهاجم دارای «ارتباطات ایدئولوژیک» با گروههای چچنی بوده و حتی در زمان حمله، نیروهای گشت پلیس پس از مشاهده تیراندازی، محل را ترک کرده بودند.
دادستانی تهران، یاسین حسینزاده را به اتهام «قتل عمد یکی از اتباع جمهوری آذربایجان با سلاح گرم در داخل سفارت»، «خرید، حمل و نگهداری سلاح غیرمجاز شامل یک قبضه کلاشنیکف و یک سلاح کمری»، و «اخلال در نظم عمومی» تحت پیگرد قرار داد و برای او اشد مجازات را خواستار شد. این حکم نهایتاً به تأیید دیوان عالی کشور رسید و اجرا شد.
طی سالهای اخیر روابط ایران و جمهوری آذربایجان با تنشهای متعددی همراه بوده است. تهران از همکاریهای گسترده باکو با اسرائیل به ویژه در حوزه دفاعی ابراز نارضایتی کرده و در مقابل، جمهوری آذربایجان نیز حکومت ایران را به حمایت از گروههای شیعه مخالف دولت الهام علیاف متهم کرده است.
در همین ارتباط باکو چندین شهروند خود را به اتهام جاسوسی برای جمهوری اسلامی ایران و تلاش برای ترویج حکومت دینی بازداشت کرده است.
پس از یک سال قطع روابط دیپلماتیک، دو دولت در اسفند ۱۴۰۲ برای بازگشایی سفارت جمهوری آذربایجان در تهران به توافق رسیدند. این سفارتخانه تیرماه ۱۴۰۳ فعالیت خود را در مکانی جدید از سر گرفت و سفیر و کادر دیپلماتیک آن به ایران بازگشتند.
جریانهای سیاسی و امنیتی نزدیک به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی همواره نسبت به روابط نزدیک جمهوری آذربایجان با اسرائیل هشدار میدهند. به ویژه آنکه در سالهای اخیر همکاریهای نظامی آنها گسترش یافته و اسرائیل در جمهوری آذربایجان پایگاه نظامی دارد. حتا پس از سقوط هلیکوپتر حامل ابراهیم رئیسی رئیس دولت سیزدهم و حسین امیرعبداللهیان وزیر خارجه جمهوری اسلامی در ارتفاعات ورزقان منابع نزدیک به سپاه احتمال دخالت اسرائیل در این سانحه را با توجه به نزدیکی محل سقوط با مرز ایران و جمهوری آذربایجان مطرح کردند.
شماری از کارشناسان و تحلیلگران نزدیک به سپاه پاسداران در چند مورد ادعا کردهاند که «صهیونیستها بارها از پایگاهشان در آذربایجان، پهپاد به ایران فرستادند.»